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1楼2014-04-15 16:03:25

月只蓝

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

一个大概的想法是，推测出缺原子的空位坐标，手动添加，然后做几何优化。

MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。

2楼2014-04-15 21:57:28

pigrass

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-04-16 18:35:23

引用回帖:

2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-15 21:57:28
一个大概的想法是，推测出缺原子的空位坐标，手动添加，然后做几何优化。

建议把文献发上来
我猜是聚合物晶体

VMD我不知道
MS里是建空白晶胞，画定位原子，用平移、旋转操作把聚合物链关键原子拟合至定位原子位置

#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#

3楼2014-04-16 16:20:22

cyl001

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引用回帖:

3楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-16 16:20:22
建议把文献发上来
我猜是聚合物晶体

VMD我不知道
MS里是建空白晶胞，画定位原子，用平移、旋转操作把聚合物链关键原子拟合至定位原子位置...

进行这些操作后输出pdb文件时该文件中会把全部原子的坐标信息显示出来吗？我还要导入到gromacs中

4楼2014-04-17 10:39:32

pigrass

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伊卡斯特的小猪

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-17 18:49:15

引用回帖:

4楼: Originally posted by cyl001 at 2014-04-17 10:39:32
进行这些操作后输出pdb文件时该文件中会把全部原子的坐标信息显示出来吗？我还要导入到gromacs中...

PDB我不知道至少可以导出CIF，CIF有所有坐标

#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#

5楼2014-04-17 10:45:59