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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Material studio软件中Forcite模块结构优化时的参数设置问题
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missducksong

铜虫 (小有名气)

[求助] Material studio软件中Forcite模块结构优化时的参数设置问题 已有1人参与

1、material studio软件中forcite模块进行3D结构优化时的参数怎么设置呢？
2、优化前，3D结构必须是球棍模型吗，还是其他样式也可以呢？
Material studio软件中Forcite模块结构优化时的参数设置问题
forcite几何构型优化 参数设置问题.jpg




3、对于已画好的3D结构，怎么选中来进行几何构型优化呢？
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1楼 2014-03-31 19:08:07
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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missducksong: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-04-02 11:13:14
1.Fine以上精度优化，根据需要选择是否优化晶胞，选择涵盖你要模拟所有物质的力场，用CPMPASS的话，电荷分配一般选由力场分配，周期性结构选Ewald加和，非周期性Atom based
2.3D模型display style不影响结果
3.使画好的3D结构置于当前，运行Forcite几何优化即可。

问题都是比较基础的，如果Forcite使用得多，建议把MS help中Forcite和Forcite （包括plus部分）tutorials 两个部分好好阅读。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-03-31 20:42:09
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by missducksong at 2014-04-05 22:18:39
前辈，我所研究的是小分子结构，所以不需要选择优化晶胞哟。我怎么来选择涵盖我要模拟所有物质的力场呢？能不能麻烦前辈截图看下操作过程呢？...

看MS的Forcite的帮助文档吧，创腾的资料是中文的。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
9楼2014-04-07 10:22:03
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by missducksong at 2014-04-02 16:32:35
前辈您好，我想问下您  我在”chemicalbook“网站上找到的”Mol file“是已经优化好的3D结构还是没有优化好的3D结构呢？

下来下来的mol文件打开.jpg

下载下来的mol文件.jpg
...

一般说来，从别处获得的结构，都需要自己优化。
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5楼2014-04-02 16:48:06
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
10楼: Originally posted by missducksong at 2014-04-08 09:17:29
嗯，Dmol3:提供Dmol3模块中的工具，可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算，分析分子和周期系统。——————————用“Dmol3:”来确定分子是否为周期性还是非周期性结构吗？
这是我看中文教程的疑问呢，求前 ...

单个分子是非周期性的，晶体、由晶体创建的表面等是周期性的。
在构建模型的时候，首先自己得有个明确目标：要构建周期性的模型还是非周期性的。
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missducksong
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
11楼2014-04-08 11:22:16
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missducksong

铜虫 (小有名气)
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3楼2014-04-02 11:13:05
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missducksong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-03-31 20:42:09
1.Fine以上精度优化，根据需要选择是否优化晶胞，选择涵盖你要模拟所有物质的力场，用CPMPASS的话，电荷分配一般选由力场分配，周期性结构选Ewald加和，非周期性Atom based
2.3D模型display style不影响结果
3.使 ...

前辈您好，我想问下您  我在”chemicalbook“网站上找到的”Mol file“是已经优化好的3D结构还是没有优化好的3D结构呢？
Material studio软件中Forcite模块结构优化时的参数设置问题-1
下来下来的mol文件打开.jpg


Material studio软件中Forcite模块结构优化时的参数设置问题-2
下载下来的mol文件.jpg
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4楼2014-04-02 16:32:35
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missducksong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-02 16:48:06
一般说来，从别处获得的结构，都需要自己优化。...

好的呢，谢谢啦，麻烦问下您，关于Forcite模块优化的教程您那边有没有中文版的 发给我呢，help中是英文的呢？
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6楼2014-04-05 22:12:13
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missducksong

铜虫 (小有名气)
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7楼2014-04-05 22:15:52
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missducksong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-03-31 20:42:09
1.Fine以上精度优化，根据需要选择是否优化晶胞，选择涵盖你要模拟所有物质的力场，用CPMPASS的话，电荷分配一般选由力场分配，周期性结构选Ewald加和，非周期性Atom based
2.3D模型display style不影响结果
3.使 ...

前辈，我所研究的是小分子结构，所以不需要选择优化晶胞哟。我怎么来选择涵盖我要模拟所有物质的力场呢？能不能麻烦前辈截图看下操作过程呢？
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8楼2014-04-05 22:18:39
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missducksong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-04-07 10:22:03
看MS的Forcite的帮助文档吧，创腾的资料是中文的。...

嗯，Dmol3:提供Dmol3模块中的工具，可以进行基于泛函密度理论的量子力学计算，分析分子和周期系统。——————————用“Dmol3:”来确定分子是否为周期性还是非周期性结构吗？
这是我看中文教程的疑问呢，求前辈指导。
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10楼2014-04-08 09:17:29
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