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用primer5 设计引物教程【个人经验】已有71人参与
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最近有几位好友向我咨询primer5 设计引物的教程，为了方便大家使用该软件设计引物，特地作此教程，版权归本人所有（youlinglyw），转载请注明出处。 primer 5是个非常有用的软件，基本上目前引物设计都是基于primer系列，如ncbi是基于primer3。我觉得在这些版本里，最好的是5,primer6我也安装了，但是感觉不如5那么好用，太过智能了些。我们需要的是一个介于自动和人工选择之间的一个软件。 欢迎各位好友一起讨论。 下面，我认为大家已经安装好该软件 如果没安装的话，可以去搜索软件简单安装。 ps Premier由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。 |
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点击primer按钮（图中箭头） 然后依次出现如下界面  点击search 进入下图界面开始设计引物 在此图中有6个部分，红色数字标示 1区，包括三部分，可以选择设计pcr引物，测序引物和杂交探针 2区，搜寻模式，包括正链，反链等，我们一般选最后一项pairs，出来一组引物 3区，引物的范围，上游引物所在范围，下游引物所在范围 4区，pcr 长度，根据需要设置 5区，引物长度，这个是调整的重点，前面是长度，后面是± 6区，选择模式，一般选auto，也可以手动  [ Last edited by youlinglyw on 2014-3-11 at 17:18 ] |
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4楼2014-03-11 17:15:04
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出现下面图 1区 右上角部分，代表所有的引物，按照分数排序，100为满分。 我们选择第一条，那么左侧就出现了primer的相关信息 2区 正反链选择 3区 显示引物的信息，本引物正链有harpin 结构（发夹），有dimer （二聚体），还有cross dimer（引物之间二聚体），效果不好 一般primer 5 设计引物，都要最少得90几，我一般都设计到98以上，这样才可以。  然后就是导出引物了 如下图说是  特别提示：在设计引物后，最好去检测一下引物 方法是UCSC 网站上的IN silico (http://genome.ucsc.edu/) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr  然后输入你设计出来的引物  这样就可以输出你要的结果了  祝大家天天开心 |
6楼2014-03-11 17:32:25
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