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youlinglyw

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一匡天下

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[交流] 用primer5 设计引物教程【个人经验】已有71人参与

最近有几位好友向我咨询primer5 设计引物的教程,为了方便大家使用该软件设计引物,特地作此教程,版权归本人所有(youlinglyw),转载请注明出处。

primer 5是个非常有用的软件,基本上目前引物设计都是基于primer系列,如ncbi是基于primer3。我觉得在这些版本里,最好的是5,primer6我也安装了,但是感觉不如5那么好用,太过智能了些。我们需要的是一个介于自动和人工选择之间的一个软件。

欢迎各位好友一起讨论。

下面,我认为大家已经安装好该软件

如果没安装的话,可以去搜索软件简单安装。

ps
Premier由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能,顾名思义,该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物,而在手动的任何时候,下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件,让软件自动搜索引物,并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。
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天行健
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LYRYUE

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-03-11 17:15:04
点击primer按钮(图中箭头)

然后依次出现如下界面

点击search
进入下图界面开始设计引物

在此图中有6个部分,红色数字标示
1区,包括三部分,可以选择设计pcr引物,测序引物和杂交探针
2区,搜寻模式, ...

请问下,什么是PCR 产物长度?
94楼2017-12-26 20:59:35
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youlinglyw

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一匡天下

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首先打开软件
左上角来操作
file——new——dna sequence

这一项可以把你复制的序列粘贴进去

当然,你也可以选择另一个
file——open——dna sequence
去open一个新的文件。
用primer5 设计引物教程【个人经验】
QQ截图20140311163834.jpg


用primer5 设计引物教程【个人经验】-1
QQ截图20140311163918.jpg


用primer5 设计引物教程【个人经验】-2
QQ截图20140311164008.jpg

天行健
2楼2014-03-11 17:01:52
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youlinglyw

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一匡天下

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在接下来的界面里
复制你的序列,于是就将序列导入了
用primer5 设计引物教程【个人经验】-3
QQ截图20140311164042.jpg


用primer5 设计引物教程【个人经验】-4
QQ截图20140311164143.jpg


用primer5 设计引物教程【个人经验】-5
QQ截图20140311164159.jpg


用primer5 设计引物教程【个人经验】-6
QQ截图20140311164225.jpg

天行健
3楼2014-03-11 17:03:18
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youlinglyw

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一匡天下

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点击primer按钮(图中箭头)
用primer5 设计引物教程【个人经验】-7
然后依次出现如下界面
用primer5 设计引物教程【个人经验】-8
点击search
进入下图界面开始设计引物

在此图中有6个部分,红色数字标示
1区,包括三部分,可以选择设计pcr引物,测序引物和杂交探针
2区,搜寻模式,包括正链,反链等,我们一般选最后一项pairs,出来一组引物
3区,引物的范围,上游引物所在范围,下游引物所在范围
4区,pcr 长度,根据需要设置
5区,引物长度,这个是调整的重点,前面是长度,后面是±
6区,选择模式,一般选auto,也可以手动

用primer5 设计引物教程【个人经验】-9

[ Last edited by youlinglyw on 2014-3-11 at 17:18 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

天行健
4楼2014-03-11 17:15:04
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