24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1373  |  回复: 15

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 诡异的dmol3?! 已有9人参与

背景:不论是我的pc还是我的服务器 都关闭了超线程了
pc的cpu是i3的,双核;服务器的cpu是当年E5的32nm的早期型号,两颗,每颗6核,共12核
pc是win7,服务器是centos6

是这样 一个dmol3任务 400+个原子 全都是C/H/N 无对称 无周期 方法b3lyp,加grimme的disp校正,基组dnd3.5

我放在pc上跑 只见两颗i3的核心全部飙到100% 我满意地走了 一夜又一上午过去了 结果一共跑了10个step

我怒了 这也太慢了 强制结束 扔进服务器里 只见12颗e5的核心全部飙到100% 我满意地关了xshell 跑了一下午又一晚上,早上一开 一共跑了12个step

我瞠目结舌了 这服务器还有没有节操?

[ Last edited by yjcmwgk on 2014-3-5 at 09:34 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lgxyz

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你用的7.0?b3lyp可能就是慢,用纯泛函试试PBE,应该不会这么慢。
2楼2014-03-05 11:49:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

qzhost

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
假设CPU速度一样,12核和双核 也应该是能拉开差距的啊

内存不够会报错,我推测可能硬盘读写速度成了瓶颈

难道是装不下,虚拟内存,或者SWAP 区 反复在磁盘里倒腾这样的感觉

另外PC跑400个原子得多大内存啊。。。
3楼2014-03-05 16:33:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by qzhost at 2014-03-05 16:33:25
假设CPU速度一样,12核和双核 也应该是能拉开差距的啊

内存不够会报错,我推测可能硬盘读写速度成了瓶颈

难道是装不下,虚拟内存,或者SWAP 区 反复在磁盘里倒腾这样的感觉

另外PC跑400个原子得多大内存啊 ...

其实没用多大内存啦
我的pc有4G内存 win7只给我认出来3G多 有几百兆被win7吃了
然后 平时不跑任务 系统占用七八百兆
跑这个任务的时候 内存也才占到了2.4G-2.6G的样子
其实吧 现在的PC 不配4G不幸福
4楼2014-03-05 17:08:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
Xterm下用top命令后按数字1看看,cpu很可能不是100%。我这两天在帮学校某个组搭集群,也发觉dmol效率很差。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
5楼2014-03-05 17:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
400+原子 b3lyp慢很正常吧~
6楼2014-03-05 18:39:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qscao

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
LZ的情况属于正常
7楼2014-03-05 19:16:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

416726641

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
b3lyp 本省就很慢  你这很正常
加油!加油!加油!
8楼2014-03-05 20:15:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lgxyz

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是不是我孤陋寡闻,几乎没怎么见过dmol3用b3lyp的。好像也就7.0版的才有b3lyp吧。请高手。。。
9楼2014-03-05 20:19:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的PC真心强大,性能堪比12核的服务器,羡慕中
10楼2014-03-07 20:14:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yjcmwgk 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿安大生物学07初试322、本科二本、调剂求助 +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 一志愿中南大学 0855 机械 286 求调剂 +10 不会吃肉 2026-04-12 10/500 2026-04-12 22:51 by 零零二
[考研] 310求调剂 +13 666真好 2026-04-11 14/700 2026-04-12 16:48 by 1005715100
[考研] 22专硕求调剂 +6 haoyun上岸 2026-04-11 8/400 2026-04-11 23:21 by labixiaoqiao
[教师之家] 请问地理、遥感方面,可以做哪些横向项目啊,纵向完不成考核啊 +3 锦衣卫寒战 2026-04-07 5/250 2026-04-11 20:51 by 豫椒
[考研] 0859,337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 11:34 by caotw2020
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-06 10/500 2026-04-11 10:36 by 紫曦紫棋
[考研] 材料与化工调剂 10+11 下一站上岸@ 2026-04-10 36/1800 2026-04-11 10:26 by 89436494
[考研] 求调剂 +13 雪逢冬 2026-04-10 13/650 2026-04-11 09:58 by 猪会飞
[考研] 材料与化工调剂 +12 否极泰来2026 2026-04-10 13/650 2026-04-11 00:28 by wangjihu
[考研] 一志愿京区985,085401,与本科专业一致,电子信息工程, +4 阳光开朗的男孩 2026-04-10 4/200 2026-04-10 18:27 by shenrf
[考研] 一志愿0703化学招61最终排名62化学求调剂 +24 招61排名62 2026-04-07 28/1400 2026-04-10 16:15 by yx54321
[考研] 314求调剂 +23 wakeluofu 2026-04-09 24/1200 2026-04-10 15:31 by MOF_Catal
[考研] 一志愿沪9,326生物学求相关专业调剂 +4 刘墨墨 2026-04-09 4/200 2026-04-10 12:07 by pengliang8036
[考研] 材料复试求调剂 +20 xhhdjdjsjks 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 10:25 by 孙小小12457
[考研] 调剂 +19 2261744733 2026-04-08 19/950 2026-04-09 19:11 by vgtyfty
[考研] 材料与化工专硕306分找合适调剂 +27 沧海轻舟e 2026-04-06 28/1400 2026-04-08 22:06 by wdyheheeh
[考研] 22408 266求调剂 +11 masss11222 2026-04-07 14/700 2026-04-08 11:06 by yulian1987
[考研] 22408 一志愿双一流人工智能300分 四六级,数据分析国奖 +4 zzfeng123 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:02 by zzfeng123
[考研] 一志愿西电085401求调剂 +4 sunw1306 2026-04-07 4/200 2026-04-07 16:40 by 啵啵啵0119
信息提示
请填处理意见