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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 诡异的dmol3?!已有9人参与

背景:不论是我的pc还是我的服务器 都关闭了超线程了
pc的cpu是i3的,双核;服务器的cpu是当年E5的32nm的早期型号,两颗,每颗6核,共12核
pc是win7,服务器是centos6

是这样 一个dmol3任务 400+个原子 全都是C/H/N 无对称 无周期 方法b3lyp,加grimme的disp校正,基组dnd3.5

我放在pc上跑 只见两颗i3的核心全部飙到100% 我满意地走了 一夜又一上午过去了 结果一共跑了10个step

我怒了 这也太慢了 强制结束 扔进服务器里 只见12颗e5的核心全部飙到100% 我满意地关了xshell 跑了一下午又一晚上,早上一开 一共跑了12个step

我瞠目结舌了 这服务器还有没有节操?

[ Last edited by yjcmwgk on 2014-3-5 at 09:34 ]
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lgxyz

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你用的7.0?b3lyp可能就是慢,用纯泛函试试PBE,应该不会这么慢。
2楼2014-03-05 11:49:37
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qzhost

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
假设CPU速度一样,12核和双核 也应该是能拉开差距的啊

内存不够会报错,我推测可能硬盘读写速度成了瓶颈

难道是装不下,虚拟内存,或者SWAP 区 反复在磁盘里倒腾这样的感觉

另外PC跑400个原子得多大内存啊。。。
3楼2014-03-05 16:33:25
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by qzhost at 2014-03-05 16:33:25
假设CPU速度一样,12核和双核 也应该是能拉开差距的啊

内存不够会报错,我推测可能硬盘读写速度成了瓶颈

难道是装不下,虚拟内存,或者SWAP 区 反复在磁盘里倒腾这样的感觉

另外PC跑400个原子得多大内存啊 ...

其实没用多大内存啦
我的pc有4G内存 win7只给我认出来3G多 有几百兆被win7吃了
然后 平时不跑任务 系统占用七八百兆
跑这个任务的时候 内存也才占到了2.4G-2.6G的样子
其实吧 现在的PC 不配4G不幸福
4楼2014-03-05 17:08:57
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
Xterm下用top命令后按数字1看看,cpu很可能不是100%。我这两天在帮学校某个组搭集群,也发觉dmol效率很差。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
5楼2014-03-05 17:24:41
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emilyoyang

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
400+原子 b3lyp慢很正常吧~
6楼2014-03-05 18:39:36
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qscao

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
LZ的情况属于正常
7楼2014-03-05 19:16:43
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416726641

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
b3lyp 本省就很慢  你这很正常
加油!加油!加油!
8楼2014-03-05 20:15:41
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lgxyz

铜虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是不是我孤陋寡闻,几乎没怎么见过dmol3用b3lyp的。好像也就7.0版的才有b3lyp吧。请高手。。。
9楼2014-03-05 20:19:08
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hakuna

木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的PC真心强大,性能堪比12核的服务器,羡慕中
10楼2014-03-07 20:14:31
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