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zhumeidong

木虫 (小有名气)

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[求助] 如何查找某基因组中富含GC序列的片段？已有1人参与

我手上有小牛胸腺DNA，我想知道这个DNA中是否有某些片段，其GC含量在65%以上？（用于pcr）序列我已经查到了，但是要用肉眼查找高GC含量的片段着实行不通（片段长度要大于100bp吧至少，必须是小牛胸腺DNA）。求高人指点，或者提供可靠软件！

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坚持从一点一滴开始！

1楼 2014-03-03 16:31:14

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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
zhumeidong(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-03-31 01:14:18

很久以前我写过一个计算机程序，就是专门算这个比例的。当时我的序列比较多，如果你的序列也多，那我可以考虑把代码发给你。如果你的序列比较少，就用比较复杂一点的方法吧：你把序列复制到word里面，然后调整字体大小使得每一行字符数在100左右，再在每行的末尾插入换行符（段落号），之后把整个文本的A和T字符全部用空白替换掉，剩下的就是G和C了，你看剩余比较多的就是GC含量大的地方。

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