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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] 请求帮助解答审稿人问题

The continuum solvent model has been used to substitute for the truncated part of the enzyme. One would thus expect that it should lead to lowering of energetic barriers. However, the effect is in most cases opposite. This requires further analysis - is the model poorly chosen, or would it be in fact a lower barrier if the polarization was less dominating. Has Nature made a mistake or maby the rest of the enzyme is needed for something else but humpers this particular step?
这是审稿人提出的问题，我同意审稿人的想法，是我的模型选取不好，但是我要是同意会不会意味着我的文章被拒，可以再补充说明energetic barriers是在误差范围之内吗？有文献证明的。谢谢各位
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼2014-02-21 23:06:46
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virtualzx

木虫 (著名写手)
看起来有点悲催了啊，只能祝好运了。你算的是内能还是自由能呢？有一些溶剂化模型是可以给出自由能的。
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2楼2014-02-22 02:43:24
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
2楼: Originally posted by virtualzx at 2014-02-22 02:43:24
看起来有点悲催了啊，只能祝好运了。你算的是内能还是自由能呢？有一些溶剂化模型是可以给出自由能的。

我是用的HF能量
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
3楼2014-02-22 09:48:00
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virtualzx

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 游子8921 at 2014-02-21 20:48:00
我是用的HF能量...

想了想，这个模型确实也没法准确的描述自由能。虽然有些溶剂化模型能考虑统计量，但是这里不是真的溶剂，也搞不清是不是有物理意义。你可以找一找有没有类似工作，是怎么处理的。
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4楼2014-02-22 10:41:23
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
4楼: Originally posted by virtualzx at 2014-02-22 10:41:23
想了想，这个模型确实也没法准确的描述自由能。虽然有些溶剂化模型能考虑统计量，但是这里不是真的溶剂，也搞不清是不是有物理意义。你可以找一找有没有类似工作，是怎么处理的。...

有啊，很多，有PNAS，biochemistry等等高层次的文章，我就是看那些文章做的，但是这种方法现在很多人不认可了，QM/MM普遍受欢迎
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
5楼2014-02-22 12:46:13
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