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churchill87426

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[求助] 如何检测短片段DNA与哪些蛋白结合？已有4人参与

小弟在克隆启动子时发现某个癌细胞的启动子与正常细胞启动子相比有一段缺失，长度大约是25bp。而这个启动子对应的蛋白在癌细胞里面高表达。
小弟很好奇这段25bp的DNA是不是和某个蛋白结合，然后抑制了正常细胞里面该蛋白的表达；而癌细胞里面缺失这25bp，因此该蛋白高表达？
所以小弟很想知道这25bp能和那些蛋白相互结合。求大神赐教检测方法。
之前有朋友介绍用酵母单杂交，但由于片段比较短，不知道可行否？
求大神们赐教，谢谢！！！
无论是生物信息学的方法，还是分子生物学方法都可以，谢谢了！

[ Last edited by silicare on 2014-2-17 at 15:04 ]

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1楼2014-02-16 22:51:10

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forrestgump

新虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-18 11:50:56
churchill87426: 金币+10, ★★★很有帮助, 那怎么知道结合的蛋白是啥？ 2014-04-02 22:22:06

做gel shift吧，跑page，做northern杂短片段DNA，与蛋白结合的应该跑得慢点。能否多给几枚金币给我，我缺这玩意儿。

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2楼2014-02-17 12:40:21

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jiaolong11a

新虫 (小有名气)

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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-02-18 11:50:59
churchill87426: 金币+40, 那用什么蛋白拉呢？ChIP只能知道蛋白和那些DNA结合，我怎么确定这个蛋白？ 2014-04-02 22:22:51

做染色质免疫共沉淀（ChIP),将蛋白拉下来后，做质谱检测