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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp串行，并行编译成功，但很奇怪。
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

[求助] vasp串行，并行编译成功，但很奇怪。 已有4人参与

在同样的机子上，同样的系统上，分别进行串行和并行编译vasp5.2，最终均可使用。
但同样的任务，并行耗时却总是串行的2倍，无论是串行耗时几十秒的任务或者串行耗时1个小时的任务。

硬件：双核笔记本四线程，32位ubuntu，
不知原因，请指教。
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1楼 2014-01-19 11:44:30
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-20 07:41:02
vasp_wien2k: 金币+15, ★★★很有帮助 2014-01-20 20:29:32
影响串并行效率的因素很多
你多试几个不同的example来测试对比一下
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2楼2014-01-19 15:11:53
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lyf1850
祝福 祝福
3楼2014-01-19 15:25:56
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lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-20 07:41:07
这种情况很有可能的，核与核之间的通信速度当然是不如单核之内的通信速度，可能你所测试的列子中主要的耗时就在这里！
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为什么小木虫每天都是扣四个金币！！！！！！
4楼2014-01-19 16:00:29
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-01-19 15:11:53
影响串并行效率的因素很多
你多试几个不同的example来测试对比一下

已经试了好几个任务了，并行耗时均是串行耗时的2.5倍，关键是也差不多都是这个样子的，没有例外的。而且从优化后的CONTCAR看，结果基本相同。
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5楼2014-01-19 22:00:20
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lchchl at 2014-01-19 16:00:29
这种情况很有可能的，核与核之间的通信速度当然是不如单核之内的通信速度，可能你所测试的列子中主要的耗时就在这里！

谢谢！
我也一度这么一厢情愿的认为，可是结果总是让我难以接受..............
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6楼2014-01-19 22:02:29
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vasp_wien2k: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-20 20:27:58
并行是怎么执行的？
并行执行错误变成了串行好几遍是最常见的情况。
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7楼2014-01-20 07:18:56
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vasp_wien2k: 金币+25, ★★★很有帮助 2014-01-20 20:28:24
LS那位 核内交换肯定比核外交换速度快的同学
这串行的任务就一个核计算 需要交换什么呢？
而且数据在核里吗？
基本的计算机知识都不懂
-------------------------------------
回答LS问题
你是不是开了超线程
如果是 关了 再试试
赞一下 回复此楼
九州浩淼，任其东西，明日何在，但随我意。
8楼2014-01-20 09:17:57
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emilyoyang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2014-01-20 09:17:57
LS那位 核内交换肯定比核外交换速度快的同学
这串行的任务就一个核计算 需要交换什么呢？
而且数据在核里吗？
基本的计算机知识都不懂
-------------------------------------
回答LS问题
你是不是开了超线程 ...

Nice, 可能是这个原因
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-20 10:27:40
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-01-20 07:18:56
并行是怎么执行的？
并行执行错误变成了串行好几遍是最常见的情况。

intel 双核cpu，4线程
串行使用vasp命令，top命令下可以看到一个cpu显示100％，另外三个cpu显示基本0.
并行使用mpiexec -np 4 vasp，top命令下可以看到四个cpu同时显示100％，计算结果每次在屏幕上显示4个一样的结果。

不知道以上是否描述清楚？
觉得会不会是楼上几位说的我将并行执行错误变成了串行好几遍。
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10楼2014-01-20 20:09:40
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