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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp串行，并行编译成功，但很奇怪。
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2014-01-20 09:17:57
LS那位 核内交换肯定比核外交换速度快的同学
这串行的任务就一个核计算 需要交换什么呢？
而且数据在核里吗？
基本的计算机知识都不懂
-------------------------------------
回答LS问题
你是不是开了超线程 ...

应该是开了超线程吧，毕竟双核cpu
并行使用mpiexec -np 4 vasp，top命令下可以看到四个cpu同时显示100％，计算结果每次在屏幕上显示4个一样的结果。
这是不是意味着我是开了超线程？
如果超线程关了，是不是并行耗时就不会多于串行了？
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11楼2014-01-20 20:21:53
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-01-20 10:27:40
Nice, 可能是这个原因...

谢谢，我试试，可是
我已经把系统重装改为64位的了，只能后面再验证了...........
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12楼2014-01-20 20:23:48
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by vasp_wien2k at 2014-01-20 20:09:40
intel 双核cpu，4线程
串行使用vasp命令，top命令下可以看到一个cpu显示100％，另外三个cpu显示基本0.
并行使用mpiexec -np 4 vasp，top命令下可以看到四个cpu同时显示100％，计算结果每次在屏幕上显示4个一样的 ...

这是典型的串行了4遍。正确的并行只有1次输出。
你编译的是并行版本的VASP吗？看起来像是编译了串行版本导致的。如果编译的是并行版本，此命令将并行执行，但如果是串行版本就会执行N次串行。
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vasp_wien2k
13楼2014-01-21 01:33:46
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exon2002

铁杆木虫 (著名写手)
这个vasp串行真TM厉害，竟然成功。。。
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14楼2014-01-21 05:17:58
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
楼主是以为并行，其实是串行跑了4次，一般出现这个都是并行软件出了问题，建议检查，如果楼主是ubuntu的机器，如果不想麻烦的话，可以提供一条捷径：1.安装mpd,sudo apt-get install mpd；2，安装mpich2，sudo apt-get install mpich2，3，再安装vasp,注意一定要重新安装vasp，我默认你的vasp并行编译是对的，而且已经装好了intel fortran和mkl库。如果楼主是直接用sudo apt-get install的openmpi也会出现同样的问题，所以建议mpich2，当然如果手动编译可以安装openmpi，不过个人感觉速度不如mpich2
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vasp_wien2k
15楼2014-01-21 11:59:43
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-01-21 01:33:46
这是典型的串行了4遍。正确的并行只有1次输出。
你编译的是并行版本的VASP吗？看起来像是编译了串行版本导致的。如果编译的是并行版本，此命令将并行执行，但如果是串行版本就会执行N次串行。...

多谢了，金币发完了，只能送花了！
应该是你说的，具体怎么改makefile，我再尝试。
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16楼2014-01-22 11:41:19
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
内容已删除
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17楼2014-01-22 11:45:38
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2014-01-21 11:59:43
楼主是以为并行，其实是串行跑了4次，一般出现这个都是并行软件出了问题，建议检查，如果楼主是ubuntu的机器，如果不想麻烦的话，可以提供一条捷径：1.安装mpd,sudo apt-get install mpd；2，安装mpich2，sudo apt- ...

非常非常感谢，不过没有金币了，不好意思，送花好了！
1.我没有装mpd，可是记得用which mpd命令时，编译mpich2之前和之后都能显示此命令路径，当然显示的路径不一样，这一点我也不懂。
所以请问需要单独安装这一步吗？
2.直接安装intel parllel xe并行编译器（含c , c++ , fortran, mkl），接着安装mpich2程序包，没有利用sudo 命令安装，
所以请问有差别吗？
3.没装过openmpi，vasp makefile中不是说openmpi比mpich运行效率高吗？但是我没装openmpic，我装的mpich2，
所以我以后还是会选择mpich2


再次感谢！
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18楼2014-01-22 11:53:49
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 风间的记忆 at 2014-01-20 09:17:57
LS那位 核内交换肯定比核外交换速度快的同学
这串行的任务就一个核计算 需要交换什么呢？
而且数据在核里吗？
基本的计算机知识都不懂
-------------------------------------
回答LS问题
你是不是开了超线程 ...

再问一下，是不是单机并行一定要关闭超线程？？？？
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19楼2014-01-22 11:57:03
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刘仕晨

木虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by vasp_wien2k at 2014-01-22 11:53:49
非常非常感谢，不过没有金币了，不好意思，送花好了！
1.我没有装mpd，可是记得用which mpd命令时，编译mpich2之前和之后都能显示此命令路径，当然显示的路径不一样，这一点我也不懂。
所以请问需要单独安装这一 ...

1.mpd可能需要安装，因为我一直都有装，我也没试过不装行不行，你装一下，反正不费事，除非你不能联网，直接sudo安装，最后的路径which mpd应该指向intel的路径。
2，没有关系我觉得，虽然我都是sudo安装，但是有一点要注意，你编译mpich2的时候最好用intel的编译器，不过这个应该不影响的，因为我是g编译的，应该不影响。我也不清楚这个。
3，这个无论是openmpi和mpich都没有关系的，都一样编译，我只是测试过觉得mpich2快一点，这个没有影响，
4，如果实在解决不鸟，你就按我说的sudo安装试试，我记得我当年第一次摸索安装的时候也是你这种情况，后来好像就是按照网上的教程装了这些就好了。
祝好运
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20楼2014-01-22 12:47:28
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