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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

[求助] vasp串行,并行编译成功,但很奇怪。已有4人参与

在同样的机子上,同样的系统上,分别进行串行和并行编译vasp5.2,最终均可使用。
但同样的任务,并行耗时却总是串行的2倍,无论是串行耗时几十秒的任务或者串行耗时1个小时的任务。

硬件:双核笔记本四线程,32位ubuntu,
不知原因,请指教。
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by 刘仕晨 at 2014-01-21 11:59:43
楼主是以为并行,其实是串行跑了4次,一般出现这个都是并行软件出了问题,建议检查,如果楼主是ubuntu的机器,如果不想麻烦的话,可以提供一条捷径:1.安装mpd,sudo apt-get install mpd;2,安装mpich2,sudo apt- ...

非常非常感谢,不过没有金币了,不好意思,送花好了!
1.我没有装mpd,可是记得用which mpd命令时,编译mpich2之前和之后都能显示此命令路径,当然显示的路径不一样,这一点我也不懂。
所以请问需要单独安装这一步吗?
2.直接安装intel parllel xe并行编译器(含c , c++ , fortran, mkl),接着安装mpich2程序包,没有利用sudo 命令安装,
所以请问有差别吗?
3.没装过openmpi,vasp makefile中不是说openmpi比mpich运行效率高吗?但是我没装openmpic,我装的mpich2,
所以我以后还是会选择mpich2


再次感谢!
18楼2014-01-22 11:53:49
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-20 07:41:02
vasp_wien2k: 金币+15, ★★★很有帮助 2014-01-20 20:29:32
影响串并行效率的因素很多
你多试几个不同的example来测试对比一下
2楼2014-01-19 15:11:53
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lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-20 07:41:07
这种情况很有可能的,核与核之间的通信速度当然是不如单核之内的通信速度,可能你所测试的列子中主要的耗时就在这里!
为什么小木虫每天都是扣四个金币!!!!!!
4楼2014-01-19 16:00:29
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-01-19 15:11:53
影响串并行效率的因素很多
你多试几个不同的example来测试对比一下

已经试了好几个任务了,并行耗时均是串行耗时的2.5倍,关键是也差不多都是这个样子的,没有例外的。而且从优化后的CONTCAR看,结果基本相同。
5楼2014-01-19 22:00:20
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