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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

[求助] vasp串行,并行编译成功,但很奇怪。已有4人参与

在同样的机子上,同样的系统上,分别进行串行和并行编译vasp5.2,最终均可使用。
但同样的任务,并行耗时却总是串行的2倍,无论是串行耗时几十秒的任务或者串行耗时1个小时的任务。

硬件:双核笔记本四线程,32位ubuntu,
不知原因,请指教。
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刘仕晨

木虫 (正式写手)

引用回帖:
18楼: Originally posted by vasp_wien2k at 2014-01-22 11:53:49
非常非常感谢,不过没有金币了,不好意思,送花好了!
1.我没有装mpd,可是记得用which mpd命令时,编译mpich2之前和之后都能显示此命令路径,当然显示的路径不一样,这一点我也不懂。
所以请问需要单独安装这一 ...

1.mpd可能需要安装,因为我一直都有装,我也没试过不装行不行,你装一下,反正不费事,除非你不能联网,直接sudo安装,最后的路径which mpd应该指向intel的路径。
2,没有关系我觉得,虽然我都是sudo安装,但是有一点要注意,你编译mpich2的时候最好用intel的编译器,不过这个应该不影响的,因为我是g编译的,应该不影响。我也不清楚这个。
3,这个无论是openmpi和mpich都没有关系的,都一样编译,我只是测试过觉得mpich2快一点,这个没有影响,
4,如果实在解决不鸟,你就按我说的sudo安装试试,我记得我当年第一次摸索安装的时候也是你这种情况,后来好像就是按照网上的教程装了这些就好了。
祝好运
20楼2014-01-22 12:47:28
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emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-20 07:41:02
vasp_wien2k: 金币+15, ★★★很有帮助 2014-01-20 20:29:32
影响串并行效率的因素很多
你多试几个不同的example来测试对比一下
2楼2014-01-19 15:11:53
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lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-20 07:41:07
这种情况很有可能的,核与核之间的通信速度当然是不如单核之内的通信速度,可能你所测试的列子中主要的耗时就在这里!
为什么小木虫每天都是扣四个金币!!!!!!
4楼2014-01-19 16:00:29
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-01-19 15:11:53
影响串并行效率的因素很多
你多试几个不同的example来测试对比一下

已经试了好几个任务了,并行耗时均是串行耗时的2.5倍,关键是也差不多都是这个样子的,没有例外的。而且从优化后的CONTCAR看,结果基本相同。
5楼2014-01-19 22:00:20
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