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chenweiguang

金虫 (小有名气)

[交流] vasp5.2 openmpi+intel+mkl编译,能量正值问题 已有3人参与

最近在两个服务器上安装vasp,使用标题中的编译器和数学库编译。
成功后计算一些体系都没有问题,但是在计算一个体系比如ZnO的时候,发现能量最后收敛到一个非常大的正值,开始以为是体系的问题,可是检查了很久始终没发现哪里出问题了。
而且在两个服务器上都出现了这样的问题。后来使用4.6以及gotoblas编译的5.2得到了正确的结果。
现在很纳闷,因为这个问题,现在对于mkl编译的5.2出来的结果都开始有点怀疑结果是否正确了,这是一个问题,因为用这个版本的5.2算了很多了,不过之前都没有发现出现正值的情况。

另外CPU是AMD的Opteron 6128.
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cavediger

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-16 13:31:40
查一下OUTCAR,看看是从那一步开始出现这种情况的,对比一下出现异常时结构是否有不合理的变化;
也曾经遇到过类似情况(4.6),如果结构没有异常变化,将CONTCAR考到POTCAR里,再优化一下就OK了。
顺便说一下,在OPTERON上,可以试试PGI+ACML的组合来编译VASP,有说PATHSCALE在AMD上很强大,试过前者,感觉比INTEL好,不过都是些陈年旧事了,仅供参考。
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
2楼2011-11-16 10:07:21
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dirtor

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-18 09:29:36
引用回帖:
1楼: Originally posted by chenweiguang at 2011-11-16 09:28:13:
最近在两个服务器上安装vasp,使用标题中的编译器和数学库编译。
成功后计算一些体系都没有问题,但是在计算一个体系比如ZnO的时候,发现能量最后收敛到一个非常大的正值,开始以为是体系的问题,可是检查了很久 ...

碰到过,感觉像是多线程的问题。
3楼2011-11-17 09:25:04
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chenweiguang

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cavediger at 2011-11-16 10:07:21:
查一下OUTCAR,看看是从那一步开始出现这种情况的,对比一下出现异常时结构是否有不合理的变化;
也曾经遇到过类似情况(4.6),如果结构没有异常变化,将CONTCAR考到POTCAR里,再优化一下就OK了。
顺便说一下, ...

查了OUTCAR,从第一步就是正的,主要是一个原子能量非常大。
后来用了gotoblas编译的就没问题了,估计是mkl的问题
4楼2011-11-18 09:25:43
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chenweiguang

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dirtor at 2011-11-17 09:25:04:
碰到过,感觉像是多线程的问题。

不使用并行也出现了这种情况
5楼2011-11-18 09:26:05
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dirtor

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by chenweiguang at 2011-11-18 09:26:05:
不使用并行也出现了这种情况

编译优化参数O3,应该使用了超线程,所以即使不并行,问题仍会存在的。
6楼2011-11-19 22:39:12
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kjsun

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by chenweiguang at 2011-11-16 09:28:13:
最近在两个服务器上安装vasp,使用标题中的编译器和数学库编译。
成功后计算一些体系都没有问题,但是在计算一个体系比如ZnO的时候,发现能量最后收敛到一个非常大的正值,开始以为是体系的问题,可是检查了很久 ...

我现在用楼主同样的编译器,也碰到了同样的问题。
7楼2012-02-24 20:35:39
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cavediger

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2012-02-26 16:32:21
引用回帖:
7楼: Originally posted by kjsun at 2012-02-24 20:35:39:
我现在用楼主同样的编译器,也碰到了同样的问题。

如果是AMD的U,建议PGI+ACML,ACML是AMD自己的开发的数学库,针对AMD的U有优化.....
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
8楼2012-02-25 10:49:11
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