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souledge

专家顾问 (著名写手)

[求助] 【已解决】VASP内存占用疯涨……看来得重新编译了……

重装了系统（还是CentOS 6.3 x86_64），为了防止下载ifort和icc折腾两遍，直接下载了Intel® Parallel Studio XE 2013 for Linux。安装后又编译了MPICH2 1.4。之后编译了VASP 4.6.28，5.2.2和5.2.12三个版本，编译过程一切正常（以前编译了无数次了，编译参数很简单）。
之后一个多月都没使用……
再然后，今天做计算发现了问题……5.2系列的两个版本都会疯狂占内存，有图有真相～这个计算是重复了以前的一个计算，当时占用内存不超过200MB，可是现在……

换用4.6的，则是上下两次优化步骤的差值无法求得，都是一个固定值，然后只能等到100步之后才停止……
考虑更换稍老的编译器重新编译……这样太不靠谱了……
不知有没有人也碰到过这样的情况呢？

[ Last edited by liliangfang on 2012-12-1 at 20:09 ]
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思想重于技巧，内涵重于表象
1楼 2012-11-22 14:44:11
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hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-22 21:23:43
souledge: 金币+2, ★★★很有帮助, 单只VASP有问题，不爽啊…… 2012-11-27 10:53:32
以前遇到过这问题（opteron+ifort+libgoto/mkl），一直也没搞明白，也不愿意折腾，就改换了编译器，用PGI+ACML，能出来就OK了
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2楼2012-11-22 15:15:38
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2012-11-22 15:15:38
以前遇到过这问题（opteron+ifort+libgoto/mkl），一直也没搞明白，也不愿意折腾，就改换了编译器，用PGI+ACML，能出来就OK了

对同期编译的软件进行了测试，发现这个毛病居然是VASP的专利……
其中，使用弯曲相同的参数进行完全相同的工作，PWscf比之前慢了接近1.5%，不过这有可能是因为以前的数据使用PWscf 5.0计算的，而本次使用的是PWscf 5.0.1，不过计算结果完全一致，包括中间步骤：

又测试了Abinit 6.12.3，以前的版本是使用自带BLAS、LAPACK和FFT编译的，而本次使用的是完全ifort+icc+mkl编译的，并且之前计算时好像电脑还在算着别的东西。可以看到，结果上有略微不同，中间步骤也有微小改变，时间上本次编译的占优很多：
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思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2012-11-22 17:16:55
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花无刺

木虫 (著名写手)

二师兄
加了这个参数编译没有： FFLAGS= -heap-arrays 64

我在一台电脑上，用mpich编译运行正常

在另一台上，换成openmpi运行才能正常

其实，学习vasp的乐趣就在于，

总是有新的问题出现，总是就解释不了的问题出现，总是有解决不了的问题出现
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4楼2012-11-23 09:10:50
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souledge

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 花无刺 at 2012-11-23 09:10:50
加了这个参数编译没有： FFLAGS= -heap-arrays 64

我在一台电脑上，用mpich编译运行正常

在另一台上，换成openmpi运行才能正常

其实，学习vasp的乐趣就在于，

总是有新的问题出现，总是就解释不了的问题 ...

并行编译，问题照样还在，所以可以排除是MPI出现了兼容问题～现在测试数学库中……
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5楼2012-11-27 10:50:08
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souledge

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4楼: Originally posted by 花无刺 at 2012-11-23 09:10:50
加了这个参数编译没有： FFLAGS= -heap-arrays 64

我在一台电脑上，用mpich编译运行正常

在另一台上，换成openmpi运行才能正常

其实，学习vasp的乐趣就在于，

总是有新的问题出现，总是就解释不了的问题 ...

呃，是串行编译……晕……还没睡清醒……
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6楼2012-11-27 10:51:06
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souledge

专家顾问 (著名写手)
  玩大了……更换了所有数学库后还是这个问题，也就是说，是ifort编译器在AMD 1090T上的兼容问题……
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7楼2012-11-27 11:43:48
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花无刺

木虫 (著名写手)

二师兄
引用回帖:
7楼: Originally posted by souledge at 2012-11-27 11:43:48
  玩大了……更换了所有数学库后还是这个问题，也就是说，是ifort编译器在AMD 1090T上的兼容问题……

不要急于这么快下结论吧

最简单的做法，重装一次系统，全部重做一次

我的服务器，AMD opteron 6234，就是这么搞定的
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8楼2012-11-27 14:49:24
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souledge

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8楼: Originally posted by 花无刺 at 2012-11-27 14:49:24
不要急于这么快下结论吧

最简单的做法，重装一次系统，全部重做一次

我的服务器，AMD opteron 6234，就是这么搞定的...

结论下得有点激进，其实是最新版本的ifort在AMD 1090T上有这个毛病，以前用11.x和12.x都没出过毛病的~不成了就考虑换个老一点的版本了……
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9楼2012-11-27 15:31:45
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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4楼: Originally posted by 花无刺 at 2012-11-23 09:10:50
加了这个参数编译没有： FFLAGS= -heap-arrays 64

我在一台电脑上，用mpich编译运行正常

在另一台上，换成openmpi运行才能正常

其实，学习vasp的乐趣就在于，

总是有新的问题出现，总是就解释不了的问题 ...

被你言中了，去掉了-heap-arrays 64，只alloc内存，不release内存的现象居然终止了～
但是计算过程中依然有问题：
引用回帖:
   6 F= -.22273229E+02 E0= -.22267449E+02  d E =-.162154E-01
curvature: ****** expect dE=-0.119E+03 dE for cont linesearch -0.119E+03
ZBRENT: interpolating
opt :   0.2638  next Energy=   -22.278512 (dE=-0.215E-01)

做完全relax时步骤与步骤间有这样的提示，我记得以前没有啊……不管有没有，同一个任务，之前总共四步就可以relax完，现在居然要12步，好多步的dE都是等于-.2149XXE-01（XX是任意两位数字），这都是要闹哪样啊……
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10楼2012-11-30 23:49:37
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