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souledge

专家顾问 (著名写手)

[求助] 【已解决】VASP内存占用疯涨……看来得重新编译了……

重装了系统(还是CentOS 6.3 x86_64),为了防止下载ifort和icc折腾两遍,直接下载了Intel® Parallel Studio XE 2013 for Linux。安装后又编译了MPICH2 1.4。之后编译了VASP 4.6.28,5.2.2和5.2.12三个版本,编译过程一切正常(以前编译了无数次了,编译参数很简单)。
之后一个多月都没使用……
再然后,今天做计算发现了问题……5.2系列的两个版本都会疯狂占内存,有图有真相~这个计算是重复了以前的一个计算,当时占用内存不超过200MB,可是现在……

换用4.6的,则是上下两次优化步骤的差值无法求得,都是一个固定值,然后只能等到100步之后才停止……
考虑更换稍老的编译器重新编译……这样太不靠谱了……
不知有没有人也碰到过这样的情况呢?

[ Last edited by liliangfang on 2012-12-1 at 20:09 ]
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花无刺

木虫 (著名写手)

二师兄

加了这个参数编译没有: FFLAGS= -heap-arrays 64

我在一台电脑上,用mpich编译运行正常

在另一台上,换成openmpi运行才能正常

其实,学习vasp的乐趣就在于,

总是有新的问题出现,总是就解释不了的问题出现,总是有解决不了的问题出现

4楼2012-11-23 09:10:50
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查看全部 15 个回答

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-22 21:23:43
souledge: 金币+2, ★★★很有帮助, 单只VASP有问题,不爽啊…… 2012-11-27 10:53:32
以前遇到过这问题(opteron+ifort+libgoto/mkl),一直也没搞明白,也不愿意折腾,就改换了编译器,用PGI+ACML,能出来就OK了
2楼2012-11-22 15:15:38
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2012-11-22 15:15:38
以前遇到过这问题(opteron+ifort+libgoto/mkl),一直也没搞明白,也不愿意折腾,就改换了编译器,用PGI+ACML,能出来就OK了

对同期编译的软件进行了测试,发现这个毛病居然是VASP的专利……
其中,使用弯曲相同的参数进行完全相同的工作,PWscf比之前慢了接近1.5%,不过这有可能是因为以前的数据使用PWscf 5.0计算的,而本次使用的是PWscf 5.0.1,不过计算结果完全一致,包括中间步骤:

又测试了Abinit 6.12.3,以前的版本是使用自带BLAS、LAPACK和FFT编译的,而本次使用的是完全ifort+icc+mkl编译的,并且之前计算时好像电脑还在算着别的东西。可以看到,结果上有略微不同,中间步骤也有微小改变,时间上本次编译的占优很多:
思想重于技巧,内涵重于表象
3楼2012-11-22 17:16:55
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 花无刺 at 2012-11-23 09:10:50
加了这个参数编译没有: FFLAGS= -heap-arrays 64

我在一台电脑上,用mpich编译运行正常

在另一台上,换成openmpi运行才能正常

其实,学习vasp的乐趣就在于,

总是有新的问题出现,总是就解释不了的问题 ...

并行编译,问题照样还在,所以可以排除是MPI出现了兼容问题~现在测试数学库中……
思想重于技巧,内涵重于表象
5楼2012-11-27 10:50:08
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