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Gaussian 软件的并行效率
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pbs文件里可以指定一个核数，例如 “#PBS -l nodes=1:ppn=8” gjf文件里也可以指定一个核数，例如 " %proc=8" 最近做了一组测试，具体任务为计算单点能 1. pbs=8, gjf=8，运算时间29h 2. pbs=8, gjf=1，运算时间21.5h 3. pbs=1, gjf=8，运算时间26h 4. pbs=1, gjf=1，运算时间36h 由此衍生出两个问题： 1.机器调用的核的数目是由pbs文件决定，还是由gjf文件决定？ 2.高斯的并行效率如何？ ------------------------------------------------------------------------------------- 补充说明一下，我的测试调用的CPU都在一个节点内，没有跨节点并行 [ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ] |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-02-11 01:55:22
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-02-11 01:55:22
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这要取决于机器的结构；高斯，完全没有考虑内存关联性，所以比一般的并行程序都差很多。高斯的很多OpenMP并行甚至没有first touch，所以多线程时没法保证内存定域，如果你的集群在节点间使用DSM共享内存，建议你不要使用，除非手动修改代码，否则效果很不理想！ 即使单节点运行，可能的话尽量将内存限制在一个NUMA域上，否则高斯很笨，即使需要的内存不多也会去用NUMA域以外的内存。如果你每个节点有64G，4个numa域，那么可能的话尽量不要给高斯指派超过16G内存，否则可能反而导致变慢。 |
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