应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian 软件的并行效率
51/1返回列表
查看: 3285  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

broken1999

木虫 (正式写手)

[交流] Gaussian 软件的并行效率

pbs文件里可以指定一个核数，例如  “#PBS -l nodes=1:ppn=8”
gjf文件里也可以指定一个核数，例如 " %proc=8"

最近做了一组测试，具体任务为计算单点能
1. pbs=8, gjf=8，运算时间29h
2. pbs=8, gjf=1，运算时间21.5h
3. pbs=1, gjf=8，运算时间26h
4. pbs=1, gjf=1，运算时间36h

由此衍生出两个问题：
1.机器调用的核的数目是由pbs文件决定，还是由gjf文件决定？
2.高斯的并行效率如何？

-------------------------------------------------------------------------------------

补充说明一下，我的测试调用的CPU都在一个节点内，没有跨节点并行

[ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-01-19 10:59:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qchem

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-02-11 01:55:30
Gaussian用多少核由输入文件设置，与pbs没有关系，但两者设置不一致会导致抢资源或资源浪费

Gaussian并行效率相对低些，一般8核就差不多了，再高不值得

跨节点用linda效率也低，还要设一个文件否则用不起来

要想Gaussian快，关键是intel的cpu，就好安腾，效率高好多
还有内存设置恰当，不是越大越好

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
9楼2014-02-10 09:57:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:25
理论上来说是PBS决定一共申请多少可用资源，gjf决定用多少。
高斯并不会知道pbs的设置。如果你用pbs申请了100个节点，只指定用一个，那剩下99个就闲着。
每个版本的PBS不同，不过大部分PBS系统都是正节点分配的，不管你申请多少资源，都是至少给你1个节点，除非管理员设置了非并行队列。所以即使你设置ppn=1，很多版本的PBS仍然会给你一整个节点，如果一个节点是24个处理器就还是可以有24个进程。
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2014-01-19 11:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lb1586551

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:34
显然测试是有问题的，Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本，国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核，效率还可以，但是计算频率效率比较低。
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-19 23:49:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-01-20 19:44:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by lb1586551 at 2014-01-19 23:49:57
显然测试是有问题的，Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本，国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核，效率还可以，但是计算频率效率比较低。

我们这里的系统管理员测试过，高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点，把内存搞大，但是只用一个节点内的CPU。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-20 05:10:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 03:05 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:52 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 02:45 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:27 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:25 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:12 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 02:07 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 02:05 by vs90ilomwc
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 01:46 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 01:45 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 01:32 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 01:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 01:12 by vs90ilomwc
[教师之家] 有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[基金申请] 同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[考博] 天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人） +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[公派出国] CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优 +4 雨念 2026-02-01 6/300 2026-02-06 23:32 by MelissaPon
[硕博家园] 博士延得我，科研能力直往上蹿 +7 偏振片 2026-02-02 7/350 2026-02-04 17:36 by 陈氏帝国
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭