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broken1999

木虫 (正式写手)

[交流] Gaussian 软件的并行效率

pbs文件里可以指定一个核数，例如  “#PBS -l nodes=1:ppn=8”
gjf文件里也可以指定一个核数，例如 " %proc=8"

最近做了一组测试，具体任务为计算单点能
1. pbs=8, gjf=8，运算时间29h
2. pbs=8, gjf=1，运算时间21.5h
3. pbs=1, gjf=8，运算时间26h
4. pbs=1, gjf=1，运算时间36h

由此衍生出两个问题：
1.机器调用的核的数目是由pbs文件决定，还是由gjf文件决定？
2.高斯的并行效率如何？

-------------------------------------------------------------------------------------

补充说明一下，我的测试调用的CPU都在一个节点内，没有跨节点并行

[ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ]
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1楼 2014-01-19 10:59:02
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virtualzx

木虫 (著名写手)
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gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:25
理论上来说是PBS决定一共申请多少可用资源，gjf决定用多少。
高斯并不会知道pbs的设置。如果你用pbs申请了100个节点，只指定用一个，那剩下99个就闲着。
每个版本的PBS不同，不过大部分PBS系统都是正节点分配的，不管你申请多少资源，都是至少给你1个节点，除非管理员设置了非并行队列。所以即使你设置ppn=1，很多版本的PBS仍然会给你一整个节点，如果一个节点是24个处理器就还是可以有24个进程。
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2楼2014-01-19 11:50:50
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lb1586551

铜虫 (小有名气)
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gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:34
显然测试是有问题的，Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本，国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核，效率还可以，但是计算频率效率比较低。
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3楼2014-01-19 23:49:57
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yongleli

木虫 (正式写手)
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gmy1990: 金币+2 2014-01-20 19:44:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by lb1586551 at 2014-01-19 23:49:57
显然测试是有问题的，Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本，国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核，效率还可以，但是计算频率效率比较低。

我们这里的系统管理员测试过，高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点，把内存搞大，但是只用一个节点内的CPU。
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4楼2014-01-20 05:10:58
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abdoman

木虫 (著名写手)
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4楼: Originally posted by yongleli at 2014-01-20 05:10:58
我们这里的系统管理员测试过，高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点，把内存搞大，但是只用一个节点内的CPU。...

想问一下，你们节点间是千兆网线还是用IB连接的？
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5楼2014-01-20 08:48:01
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yongleli

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by abdoman at 2014-01-20 08:48:01
想问一下，你们节点间是千兆网线还是用IB连接的？...

是IB啦
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6楼2014-01-20 09:00:23
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abdoman

木虫 (著名写手)
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gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:43
pbs=1的是没有意义的。如1楼所说。
通过pbs申请1个节点，但是运行8个进程也是可以的。
但是pbs=8的情况下，不明白为什么gjf=1与8 基本上没有区别？
不至于这么差吧。
1. 不知道是什么任务，计算的任务是否合理？
2. 运行时间是指文件output中的时间，还是说实际计算的时间？
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7楼2014-01-20 14:06:11
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virtualzx

木虫 (著名写手)
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gmy1990: 金币+2 2014-02-11 01:55:22
引用回帖:
4楼: Originally posted by yongleli at 2014-01-19 16:10:58
我们这里的系统管理员测试过，高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点，把内存搞大，但是只用一个节点内的CPU。...

这要取决于机器的结构；高斯，完全没有考虑内存关联性，所以比一般的并行程序都差很多。高斯的很多OpenMP并行甚至没有first touch，所以多线程时没法保证内存定域，如果你的集群在节点间使用DSM共享内存，建议你不要使用，除非手动修改代码，否则效果很不理想！

即使单节点运行，可能的话尽量将内存限制在一个NUMA域上，否则高斯很笨，即使需要的内存不多也会去用NUMA域以外的内存。如果你每个节点有64G，4个numa域，那么可能的话尽量不要给高斯指派超过16G内存，否则可能反而导致变慢。
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8楼2014-01-20 16:20:32
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
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gmy1990: 金币+2 2014-02-11 01:55:30
Gaussian用多少核由输入文件设置，与pbs没有关系，但两者设置不一致会导致抢资源或资源浪费

Gaussian并行效率相对低些，一般8核就差不多了，再高不值得

跨节点用linda效率也低，还要设一个文件否则用不起来

要想Gaussian快，关键是intel的cpu，就好安腾，效率高好多
还有内存设置恰当，不是越大越好

[ 发自小木虫客户端 ]
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9楼2014-02-10 09:57:07
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