24小时热门版块排行榜    

查看: 3911  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

broken1999

木虫 (正式写手)


[交流] Gaussian 软件的并行效率

pbs文件里可以指定一个核数,例如  “#PBS -l nodes=1:ppn=8”
gjf文件里也可以指定一个核数,例如 " %proc=8"

最近做了一组测试,具体任务为计算单点能
1. pbs=8, gjf=8,运算时间29h
2. pbs=8, gjf=1,运算时间21.5h
3. pbs=1, gjf=8,运算时间26h
4. pbs=1, gjf=1,运算时间36h

由此衍生出两个问题:
1.机器调用的核的数目是由pbs文件决定,还是由gjf文件决定?
2.高斯的并行效率如何?

-------------------------------------------------------------------------------------

补充说明一下,我的测试调用的CPU都在一个节点内,没有跨节点并行

[ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by abdoman at 2014-01-20 08:48:01
想问一下,你们节点间是千兆网线还是用IB连接的?...

是IB啦
6楼2014-01-20 09:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

virtualzx

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:25
理论上来说是PBS决定一共申请多少可用资源,gjf决定用多少。
高斯并不会知道pbs的设置。如果你用pbs申请了100个节点,只指定用一个,那剩下99个就闲着。
每个版本的PBS不同,不过大部分PBS系统都是正节点分配的,不管你申请多少资源,都是至少给你1个节点,除非管理员设置了非并行队列。所以即使你设置ppn=1,很多版本的PBS仍然会给你一整个节点,如果一个节点是24个处理器就还是可以有24个进程。
2楼2014-01-19 11:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lb1586551

铜虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:34
显然测试是有问题的,Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本,国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核,效率还可以,但是计算频率效率比较低。
3楼2014-01-19 23:49:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-01-20 19:44:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by lb1586551 at 2014-01-19 23:49:57
显然测试是有问题的,Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本,国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核,效率还可以,但是计算频率效率比较低。

我们这里的系统管理员测试过,高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点,把内存搞大,但是只用一个节点内的CPU。
4楼2014-01-20 05:10:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-29 19:27 by cqwQDCxMcL3I
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:54 by yCO1Ll7aHtsw
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:47 by yCO1Ll7aHtsw
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 4/200 2026-09-29 16:37 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:30 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 16:03 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 15:04 by etmYJ6d2rquH
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:58 by etmYJ6d2rquH
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:41 by etmYJ6d2rquH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:30 by etmYJ6d2rquH
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-29 14:24 by etmYJ6d2rquH
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-29 14:13 by etmYJ6d2rquH
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 7/350 2026-09-29 14:07 by etmYJ6d2rquH
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意! +8 zju2000 2026-09-26 9/450 2026-09-29 13:47 by ahsoarli
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[找工作] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
信息提示
请填处理意见