应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian 软件的并行效率
51/1返回列表
查看: 3389  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

broken1999

木虫 (正式写手)

[交流] Gaussian 软件的并行效率

pbs文件里可以指定一个核数，例如  “#PBS -l nodes=1:ppn=8”
gjf文件里也可以指定一个核数，例如 " %proc=8"

最近做了一组测试，具体任务为计算单点能
1. pbs=8, gjf=8，运算时间29h
2. pbs=8, gjf=1，运算时间21.5h
3. pbs=1, gjf=8，运算时间26h
4. pbs=1, gjf=1，运算时间36h

由此衍生出两个问题：
1.机器调用的核的数目是由pbs文件决定，还是由gjf文件决定？
2.高斯的并行效率如何？

-------------------------------------------------------------------------------------

补充说明一下，我的测试调用的CPU都在一个节点内，没有跨节点并行

[ Last edited by broken1999 on 2014-1-20 at 09:07 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-01-19 10:59:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abdoman

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by yongleli at 2014-01-20 05:10:58
我们这里的系统管理员测试过，高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点，把内存搞大，但是只用一个节点内的CPU。...

想问一下，你们节点间是千兆网线还是用IB连接的？
赞一下 回复此楼
5楼2014-01-20 08:48:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

virtualzx

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:25
理论上来说是PBS决定一共申请多少可用资源，gjf决定用多少。
高斯并不会知道pbs的设置。如果你用pbs申请了100个节点，只指定用一个，那剩下99个就闲着。
每个版本的PBS不同，不过大部分PBS系统都是正节点分配的，不管你申请多少资源，都是至少给你1个节点，除非管理员设置了非并行队列。所以即使你设置ppn=1，很多版本的PBS仍然会给你一整个节点，如果一个节点是24个处理器就还是可以有24个进程。
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2014-01-19 11:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lb1586551

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+3 2014-01-20 19:43:34
显然测试是有问题的，Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本，国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核，效率还可以，但是计算频率效率比较低。
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-19 23:49:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gmy1990: 金币+2 2014-01-20 19:44:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by lb1586551 at 2014-01-19 23:49:57
显然测试是有问题的，Gaussian做DFT的效率还算可以。但是跨节点需要Linda版本，国内买Linda的人很少。据说使用Linda是可以用到一两百核，效率还可以，但是计算频率效率比较低。

我们这里的系统管理员测试过，高斯的linda版节点间效率特别差。
其实这东西关键还是内存吧。我目前都是弄几个节点，把内存搞大，但是只用一个节点内的CPU。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-20 05:10:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿华东师范生物学326分，求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +9 babu2015 2026-04-08 9/450 2026-04-10 11:43 by 苏东坡二世
[考研] 机械专硕270求调剂，接受跨专业 +10 老师看看我吧aba 2026-04-09 11/550 2026-04-10 10:41 by cal0306
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +16 路痴小琪 2026-04-05 16/800 2026-04-10 08:08 by kangsm
[考研] 284求调剂 +7 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-09 21:30 by bljnqdcc
[考研] 材料专硕调剂 +16 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 17/850 2026-04-09 21:16 by wutongshun
[考研] 086003调剂求助 +19 苏弋万 2026-04-09 20/1000 2026-04-09 20:48 by bljnqdcc
[考研] 316求调剂 +3 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 3/150 2026-04-09 17:31 by wp06
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +18 梁富贵险中求 2026-04-04 20/1000 2026-04-09 11:18 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 求助071001调剂！！！ +7 黄守松 2026-04-05 8/400 2026-04-09 09:07 by 徐良白眉大侠
[考研] 283求调剂 +19 A child 2026-04-04 19/950 2026-04-08 14:26 by xingguangj
[考研] 274求调剂求调剂 +10 Jachenbingoo 2026-04-06 13/650 2026-04-08 14:25 by zhq0425
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +25 化工人999 2026-04-04 26/1300 2026-04-07 22:06 by hemengdong
[考研] 生物工程求调剂 +13 喜欢还是不甘心 2026-04-05 13/650 2026-04-07 16:55 by Ecowxq666！
[考研] 材料调剂 +17 小刘同学吖吖 2026-04-06 18/900 2026-04-07 11:41 by 诗与自由
[考研] 专硕304找调剂，一线城市最好 +3 李lsl李 2026-04-05 3/150 2026-04-06 12:16 by ffffjjjj
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +6 cs0106 2026-04-03 6/300 2026-04-04 11:20 by w_xuqing
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭