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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求：gromacs各种能量计算
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 急求：gromacs各种能量计算 已有1人参与

小分子和蛋白的相互作用的动力学过程中，蛋白跑到盒子外面了，用trjconv -f .xtc -s .tpr -o new.xtc -pbc mol -ur compact这个命令将蛋白移到盒子里面去了，但是怎样计算移到盒子里面后各种能量值。计算能量只用.edr文件，而上面移动蛋白质过程没有改变edr文件。求高手帮忙解决，非常感谢
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坚持就是胜利
1楼 2014-01-11 11:53:22
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870277182

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2014-01-11 21:00:09
非常感谢，我再补充问一下，我是利用 mdrun -x   .xtc -s   .tpr -o   .edr这个命令进行的，不知道可行不？我的xtc文件是将蛋白放到盒子之后的文件

你上边的问题不是说了嘛，是因为你的结构跑出盒子了，所以原来的能量文件不可用了，你修改了轨迹文件以后，用mdrun -rerun ***.trr/xtc会生成新的能量文件，这样你再算，就对了
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4楼2014-01-13 16:14:25
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+20, ★有帮助, 15 2014-01-11 21:00:40
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:23:56
你可以用mdrun -rerun 把修改后的轨迹文件作为输入文件，重跑能量，这样就可以正常的进行后续的工作了
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2楼2014-01-11 13:56:52
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
非常感谢，我再补充问一下，我是利用 mdrun -x   .xtc -s   .tpr -o   .edr这个命令进行的，不知道可行不？我的xtc文件是将蛋白放到盒子之后的文件
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坚持就是胜利
3楼2014-01-11 21:00:09
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