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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 急求:gromacs各种能量计算 已有1人参与

小分子和蛋白的相互作用的动力学过程中,蛋白跑到盒子外面了,用trjconv -f .xtc -s .tpr -o new.xtc -pbc mol -ur compact这个命令将蛋白移到盒子里面去了,但是怎样计算移到盒子里面后各种能量值。计算能量只用.edr文件,而上面移动蛋白质过程没有改变edr文件。求高手帮忙解决,非常感谢
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870277182

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 邓芳 at 2014-01-11 21:00:09
非常感谢,我再补充问一下,我是利用 mdrun -x   .xtc -s   .tpr -o   .edr这个命令进行的,不知道可行不?我的xtc文件是将蛋白放到盒子之后的文件

你上边的问题不是说了嘛,是因为你的结构跑出盒子了,所以原来的能量文件不可用了,你修改了轨迹文件以后,用mdrun -rerun ***.trr/xtc会生成新的能量文件,这样你再算,就对了
4楼2014-01-13 16:14:25
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870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
邓芳: 金币+20, 有帮助, 15 2014-01-11 21:00:40
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-12 09:23:56
你可以用mdrun -rerun 把修改后的轨迹文件作为输入文件,重跑能量,这样就可以正常的进行后续的工作了
2楼2014-01-11 13:56:52
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

非常感谢,我再补充问一下,我是利用 mdrun -x   .xtc -s   .tpr -o   .edr这个命令进行的,不知道可行不?我的xtc文件是将蛋白放到盒子之后的文件
坚持就是胜利
3楼2014-01-11 21:00:09
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