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purplesdd

金虫 (正式写手)

[求助] 提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢 已有2人参与

提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢，写好之后，提交任务的命令是qsub吗？因为之前提交MS的.pbs任务使用的是这个命令。。。希望得到您热心的帮助，我已经困惑已久了
提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
1楼 2013-12-15 22:31:28
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490105179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流 2013-12-16 22:07:12
不知道你用的是哪里的服务器，我的是深圳超算中心的，脚本如下：
#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=12
NP_PER_NODE=12
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp
source /home-gg/compiler/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64
source /home-gg/compiler/mpi/openmpi-1.4.4-intel.sh

cd $CURDIR

#start creating .nodelist
rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null
for i in `echo $LSB_HOSTS`
do
    echo "$i" >> $CURDIR/nodelist
done
nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',')

#
#
echo -n "start time  " > time
date >> time
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP  &> vasp.out
echo -n "end   time  " >> time ; date >> time
cat time >> vasp.out
#
#
exit
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2楼2013-12-16 10:05:28
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purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 490105179 at 2013-12-16 10:05:28
不知道你用的是哪里的服务器，我的是深圳超算中心的，脚本如下：
#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=12
NP_PER_NODE=12
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp
source /home-gg/com ...

谢谢您的帮助，我用的是PBS写的脚本，请问您使用什么写的？
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
3楼2013-12-16 19:35:07
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490105179

木虫 (正式写手)
我提交任务的命令是：
dos2unix script.sh
chmod 755 script.sh
bsub -J 名称 ./script.sh
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-17 08:22:53
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purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 490105179 at 2013-12-17 08:22:53
我提交任务的命令是：
dos2unix script.sh
chmod 755 script.sh
bsub -J 名称 ./script.sh

谢谢您热心的帮助，请问有PBS写的脚本吗？
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最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
5楼2013-12-18 11:40:02
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书万里
啊
6楼2013-12-18 12:38:50
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w76990480

荣誉版主 (文坛精英)

super-emuch

优秀版主文献杰出贡献文献杰出贡献

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！ 2013-12-19 20:10:47
在写个pbs脚本放到这个目录下面就行
写法可以参考你以前的pbs
就是改写下 具体vasp程序的路径
赞一下 回复此楼
专业文献求助
7楼2013-12-18 12:42:29
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