应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢
51/1返回列表
查看: 3598  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

purplesdd

金虫 (正式写手)

[求助] 提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢 已有2人参与

提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢，写好之后，提交任务的命令是qsub吗？因为之前提交MS的.pbs任务使用的是这个命令。。。希望得到您热心的帮助，我已经困惑已久了
提交vasp的脚本是怎么写的呢？大家有没有模板让我学习一下呢
2.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
1楼 2013-12-15 22:31:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

490105179

木虫 (正式写手)
我提交任务的命令是：
dos2unix script.sh
chmod 755 script.sh
bsub -J 名称 ./script.sh
赞一下 回复此楼
4楼2013-12-17 08:22:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

490105179

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流 2013-12-16 22:07:12
不知道你用的是哪里的服务器，我的是深圳超算中心的，脚本如下：
#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=12
NP_PER_NODE=12
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp
source /home-gg/compiler/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64
source /home-gg/compiler/mpi/openmpi-1.4.4-intel.sh

cd $CURDIR

#start creating .nodelist
rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null
for i in `echo $LSB_HOSTS`
do
    echo "$i" >> $CURDIR/nodelist
done
nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',')

#
#
echo -n "start time  " > time
date >> time
mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP  &> vasp.out
echo -n "end   time  " >> time ; date >> time
cat time >> vasp.out
#
#
exit
赞一下 回复此楼
2楼2013-12-16 10:05:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 490105179 at 2013-12-16 10:05:28
不知道你用的是哪里的服务器，我的是深圳超算中心的，脚本如下：
#!/bin/sh
APP_NAME=intelg_mid
NP=12
NP_PER_NODE=12
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp
source /home-gg/com ...

谢谢您的帮助，我用的是PBS写的脚本，请问您使用什么写的？
赞一下 回复此楼
最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
3楼2013-12-16 19:35:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

purplesdd

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 490105179 at 2013-12-17 08:22:53
我提交任务的命令是：
dos2unix script.sh
chmod 755 script.sh
bsub -J 名称 ./script.sh

谢谢您热心的帮助，请问有PBS写的脚本吗？
赞一下 回复此楼
最好的禅语是：该吃饭的时候好好吃饭，该睡觉的时候好好睡觉。
5楼2013-12-18 11:40:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭