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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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[交流] 【求助】以一个例子来说vasp的bader分析输出的意义 已有9人参与

我在静态自洽计算中添加LAECHG = TRUE
然后正式计算开始前出现
augmentation electron
soft                 electrion
                          ???这个是怎么回事呢?

********************
然后是正常的电子步输出
********************

计算结束输出1F后又是
augmentation electron
soft                 electron
********************
输出六个文件额外:
ACF.dat
AVF.dat
BCF.dat
AECCAR0  芯电荷密度
AECCAR1
AECCAR2  价电荷密度??
vasp版本为4.6.36

下面问问BADER三个输出文件.dat文件各项(标注绿色)的物理意义:
ACF.dat
    #         X               Y                Z       CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1      4.2634      1.4211      1.4211      8.1310      1.1369      9.7368
    2      1.4211      4.2634      1.4211      8.1310      1.1369      9.7368
    3      1.4211      1.4211      4.2634      8.1310      1.1369      9.7368
    4      4.2634      4.2634      4.2634      8.1310      1.1369      9.7368
    5      1.4211      1.4211      1.4211      7.8616      1.6698     35.8387
    6      4.2634      4.2634      1.4211      7.8653      1.6698     36.0085
    7      4.2634      1.4211      4.2634      7.8749      1.6698     36.4598
    8      1.4211      4.2634      4.2634      7.8744      1.6698     36.4347
--------------------------------------------------------------------------------
    VACUUM CHARGE:               0.0000
    VACUUM VOLUME:               0.0000
    NUMBER OF ELECTRONS:        64.0000  增加网格密度是总电荷收敛到正确的数值是指这个数要达到64吗?

AVF.dat   这里面的数字是什么意思呢?
------------------------------------------------------------------------
     1   ...     377
     2   ...     117
     3   ...     114
     4   ...     381
     5   ...       6    7    8    9   10   15   16   17    ......
     6   ...       2   54   57   58   59   60   67   68  ......
     7   ...       1    3    5   11   12   13   14   19   20   21   ......
     8   ...       4   55   56   61   62  246  247  248  249    ......
  ------------------------------------------------------------------------

BCF.dat
#         X              Y                Z          CHARGE    ATOM   DISTANCE
  -------------------------------------------------------------------------
    1      4.5476      1.1014      4.5476      0.0376       7      0.5136
    2      4.6897      4.5476      1.4211      0.0902       6      0.5124
    3      4.5476      1.1369      3.9436      0.0376       7      0.5136
    4      1.1369      4.6897      4.2634      0.0900       8      0.5124
    5      4.6897      1.4211      4.5476      0.0902       7      0.5124
.........
.........


Bader分析方法的原理介绍及与其它布居分析的比较见
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2492761&fpage=1


[ Last edited by cenwanglai on 2010-10-15 at 23:19 ]
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fegg7502

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★ ★
cenwanglai(金币+10):谢谢回复! 2010-10-15 23:16:06
zzy870720z(金币+2):感谢交流讨论 2010-10-16 08:06:33
我一般只看ACF.dat
    #         X               Y                Z       CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1      4.2634      1.4211      1.4211      8.1310      1.1369      9.7368
,1是第一个原子, x,y,z是原子的笛卡尔坐标。CHARGE是原子的bader电荷,这个是最主要的。。。然后是最小距离,原子体积。。。

NUMBER OF ELECTRONS:        64.0000  是你算的这个体系总共64个电子。

AVF.dat 我也不懂啥意思,不过,从名字上看,就是atom volume file

BCF.dat 就是bond charge file。。你就知道意思了。。。
心诚意正,方可始终;身无苦灭,永登光明。
2楼2010-10-15 22:59:58
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hn19870519

木虫 (正式写手)

2楼的意思是不是我们需要的bader电荷分布在ACF.dat这个文件里读取?就是您说的CHARGE这个值?
3楼2010-10-22 16:38:53
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lgxyz

铜虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by fegg7502 at 2010-10-15 22:59:58:
我一般只看ACF.dat
    #         X               Y                Z       CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1  ...

电荷有7或8左右,这是什么情况,请教!
4楼2011-09-30 09:58:09
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cenwanglai

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uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-04 19:18:03
引用回帖:
4楼: Originally posted by lgxyz at 2011-09-30 09:58:09:
电荷有7或8左右,这是什么情况,请教!

这个与选用的势价层电子个数有关。比如O价层电子数是6,如果bader得到的是8,那就是-2价。
5楼2011-10-04 12:09:41
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dfy50

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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斑竹,我做静态计算的时候,在INCAR 中加入LAECHARG 参数,并设置LAECHG =.TRUE.
运算完没有生成AECCAR0 AECCAR1 AECCER2,是什么原因呢希望斑竹指导一下,谢谢您啦
6楼2012-04-17 17:03:02
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cenwanglai

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引用回帖:
2394386楼: Originally posted by dfy50 at 2012-04-17 17:03:02:
斑竹,我做静态计算的时候,在INCAR 中加入LAECHARG 参数,并设置LAECHG =.TRUE.
运算完没有生成AECCAR0 AECCAR1 AECCER2,是什么原因呢希望斑竹指导一下,谢谢您啦

你的vasp版本是多少?似乎是4.6.31之后的版本才有这个功能~

[ Last edited by cenwanglai on 2012-4-17 at 20:45 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2012-04-17 20:38:08
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dfy50

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
2394413楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-04-17 20:38:08:
你的vasp版本是多少?似乎是4.6.31之后的版本才有这个功能~

只知道是4.6 因为是毕业的师兄装的   不清楚  自己可以查么 怎么查
8楼2012-04-17 20:53:47
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cenwanglai

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引用回帖:
2394415楼: Originally posted by dfy50 at 2012-04-17 20:53:47:
只知道是4.6 因为是毕业的师兄装的   不清楚  自己可以查么 怎么查

似乎运行一下就知道了。
在OUTCAR中第一行就有版本号~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

9楼2012-04-17 21:05:11
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dfy50

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
2394418楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-04-17 21:05:11:
似乎运行一下就知道了。
在OUTCAR中第一行就有版本号~

悲剧   4.6.28   那我就不能算了么、、、、
10楼2012-04-17 21:14:18
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