24小时热门版块排行榜    

查看: 1017  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

[求助] Illumina测序

请教各位虫友:我只是想大致检测下分离土壤中细菌的种类,有没有什么简单的方法?有人建议用Illumina测序,我想请问这样做得到的是什么结果?是每个细菌的16S rDNA序列吗?结果好分析吗?或者该怎么分析?谢谢!

[ Last edited by 51jiankang on 2013-12-4 at 11:15 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-09 08:45:42
lz刚接触这一块吧,不要着急,慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果,这个我还真不知道,因为我没找过测序公司的。不过,我想应该是与收费高低有关吧,服务费越高,应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。 ...

是啊,以前没接触过MiSeq,测序公司推荐做这个,报价好几千呢,怕做不出结果,心虚啊
8楼2013-12-09 13:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2013-12-04 12:53:03
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:23
咦,看RSS是454的问题,进来就成illumina了。
做16S可以用illumina的MiSeq,最好是用V3试剂,测2*300bp。
得到序列结果呀,通过建库时添加的index序列就可以区分不同菌株。
2楼2013-12-04 11:46:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

请问得到的是一个个的细菌序列吗?我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗?谢谢!
3楼2013-12-04 12:31:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:40
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-09 08:35:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 51jiankang at 2013-12-04 12:31:14
请问得到的是一个个的细菌序列吗?我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗?谢谢!

做二代测序,应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来,去NCBI做blast是不现实的。
4楼2013-12-04 13:34:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +3 谷雨上岸 2026-03-23 4/200 2026-03-23 15:53 by ACS Nano——
[考研] 081700 调剂 267分 +5 迷人的哈哈 2026-03-23 5/250 2026-03-23 14:59 by lbsjt
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +5 困困困困坤坤 2026-03-20 6/300 2026-03-22 17:41 by hxsm
[考研] 一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂 +5 vv迷 2026-03-21 8/400 2026-03-22 14:20 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 0703化学调剂 +3 妮妮ninicgb 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:29 by macy2011
[考研] 材料,纺织,生物(0856、0710),化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
信息提示
请填处理意见