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51jiankang

铜虫 (小有名气)

[求助] Illumina测序

请教各位虫友：我只是想大致检测下分离土壤中细菌的种类，有没有什么简单的方法？有人建议用Illumina测序，我想请问这样做得到的是什么结果？是每个细菌的16S rDNA序列吗？结果好分析吗？或者该怎么分析？谢谢！

[ Last edited by 51jiankang on 2013-12-4 at 11:15 ]
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1楼 2013-12-04 10:39:50
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2013-12-04 12:53:03
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:23
咦，看RSS是454的问题，进来就成illumina了。
做16S可以用illumina的MiSeq，最好是用V3试剂，测2*300bp。
得到序列结果呀，通过建库时添加的index序列就可以区分不同菌株。
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2楼2013-12-04 11:46:44
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51jiankang

铜虫 (小有名气)
请问得到的是一个个的细菌序列吗？我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗？谢谢！
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3楼2013-12-04 12:31:14
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:40
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-09 08:35:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 51jiankang at 2013-12-04 12:31:14
请问得到的是一个个的细菌序列吗？我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗？谢谢！

做二代测序，应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来，去NCBI做blast是不现实的。
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4楼2013-12-04 13:34:08
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51jiankang

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-04 13:34:08
做二代测序，应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来，去NCBI做blast是不现实的。...

交给测序公司人做的，他们给顾客的是什么结果？
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5楼2013-12-05 10:20:51
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51jiankang

铜虫 (小有名气)
illumina的MiSeq测序跟454有什么区别啊？
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6楼2013-12-09 04:06:16
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+10 2013-12-09 13:30:41
51jiankang: 金币+30 2013-12-11 12:19:04
lz刚接触这一块吧，不要着急，慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果，这个我还真不知道，因为我没找过测序公司的。不过，我想应该是与收费高低有关吧，服务费越高，应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。
MiSeq和454的区别，这个题目太大了……测序原理，成本，读长，通量，都不同的呀，lz想知道啥呢？
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7楼2013-12-09 08:45:42
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51jiankang

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-09 08:45:42
lz刚接触这一块吧，不要着急，慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果，这个我还真不知道，因为我没找过测序公司的。不过，我想应该是与收费高低有关吧，服务费越高，应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。 ...

是啊，以前没接触过MiSeq，测序公司推荐做这个，报价好几千呢，怕做不出结果，心虚啊
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8楼2013-12-09 13:30:29
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