24小时热门版块排行榜    

查看: 1125  |  回复: 7

51jiankang

铜虫 (小有名气)

[求助] Illumina测序

请教各位虫友:我只是想大致检测下分离土壤中细菌的种类,有没有什么简单的方法?有人建议用Illumina测序,我想请问这样做得到的是什么结果?是每个细菌的16S rDNA序列吗?结果好分析吗?或者该怎么分析?谢谢!

[ Last edited by 51jiankang on 2013-12-4 at 11:15 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2013-12-04 12:53:03
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:23
咦,看RSS是454的问题,进来就成illumina了。
做16S可以用illumina的MiSeq,最好是用V3试剂,测2*300bp。
得到序列结果呀,通过建库时添加的index序列就可以区分不同菌株。
2楼2013-12-04 11:46:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

请问得到的是一个个的细菌序列吗?我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗?谢谢!
3楼2013-12-04 12:31:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:40
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-09 08:35:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 51jiankang at 2013-12-04 12:31:14
请问得到的是一个个的细菌序列吗?我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗?谢谢!

做二代测序,应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来,去NCBI做blast是不现实的。
4楼2013-12-04 13:34:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-04 13:34:08
做二代测序,应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来,去NCBI做blast是不现实的。...

交给测序公司人做的,他们给顾客的是什么结果?
5楼2013-12-05 10:20:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

illumina的MiSeq测序跟454有什么区别啊?
6楼2013-12-09 04:06:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+10 2013-12-09 13:30:41
51jiankang: 金币+30 2013-12-11 12:19:04
lz刚接触这一块吧,不要着急,慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果,这个我还真不知道,因为我没找过测序公司的。不过,我想应该是与收费高低有关吧,服务费越高,应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。
MiSeq和454的区别,这个题目太大了……测序原理,成本,读长,通量,都不同的呀,lz想知道啥呢?
7楼2013-12-09 08:45:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

51jiankang

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-09 08:45:42
lz刚接触这一块吧,不要着急,慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果,这个我还真不知道,因为我没找过测序公司的。不过,我想应该是与收费高低有关吧,服务费越高,应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。 ...

是啊,以前没接触过MiSeq,测序公司推荐做这个,报价好几千呢,怕做不出结果,心虚啊
8楼2013-12-09 13:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 51jiankang 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 4/200 2026-08-08 10:39 by 3OOjAIS77qg2
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Vi50GxzrFcSG 2026-08-07 6/300 2026-08-08 10:19 by 3OOjAIS77qg2
[基金申请] fileCode有新解读? +8 Tide man 2026-08-08 16/800 2026-08-08 09:59 by Tide man
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 5/250 2026-08-08 08:59 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 KXLV3nuBVBY7 2026-08-07 4/200 2026-08-08 08:21 by 6vVgjDL4CnGu
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HEQlVqMTIA7d 2026-08-07 3/150 2026-08-08 03:47 by 6vVgjDL4CnGu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +3 布布和一二 2026-08-07 3/150 2026-08-07 15:09 by gltch
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +4 哈哈114477 2026-08-01 4/200 2026-08-07 14:39 by jgy194592
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +4 yang182083 2026-08-06 6/300 2026-08-07 12:43 by 虫友是什么虫
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
请填处理意见