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51jiankang

铜虫 (小有名气)

[求助] Illumina测序

请教各位虫友:我只是想大致检测下分离土壤中细菌的种类,有没有什么简单的方法?有人建议用Illumina测序,我想请问这样做得到的是什么结果?是每个细菌的16S rDNA序列吗?结果好分析吗?或者该怎么分析?谢谢!

[ Last edited by 51jiankang on 2013-12-4 at 11:15 ]
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2013-12-04 12:53:03
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:23
咦,看RSS是454的问题,进来就成illumina了。
做16S可以用illumina的MiSeq,最好是用V3试剂,测2*300bp。
得到序列结果呀,通过建库时添加的index序列就可以区分不同菌株。
2楼2013-12-04 11:46:44
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51jiankang

铜虫 (小有名气)

请问得到的是一个个的细菌序列吗?我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗?谢谢!
3楼2013-12-04 12:31:14
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+5 2013-12-09 04:05:40
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-09 08:35:10
引用回帖:
3楼: Originally posted by 51jiankang at 2013-12-04 12:31:14
请问得到的是一个个的细菌序列吗?我只需要拿这些序列到NCBI网站上去做Blast就可以了吗?谢谢!

做二代测序,应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来,去NCBI做blast是不现实的。
4楼2013-12-04 13:34:08
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51jiankang

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-04 13:34:08
做二代测序,应该得有个服务器和懂生物信息的人吧。
一下子几个G甚至几十G上百G的数据出来,去NCBI做blast是不现实的。...

交给测序公司人做的,他们给顾客的是什么结果?
5楼2013-12-05 10:20:51
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51jiankang

铜虫 (小有名气)

illumina的MiSeq测序跟454有什么区别啊?
6楼2013-12-09 04:06:16
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
51jiankang: 金币+10 2013-12-09 13:30:41
51jiankang: 金币+30 2013-12-11 12:19:04
lz刚接触这一块吧,不要着急,慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果,这个我还真不知道,因为我没找过测序公司的。不过,我想应该是与收费高低有关吧,服务费越高,应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。
MiSeq和454的区别,这个题目太大了……测序原理,成本,读长,通量,都不同的呀,lz想知道啥呢?
7楼2013-12-09 08:45:42
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51jiankang

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-12-09 08:45:42
lz刚接触这一块吧,不要着急,慢慢就了解了。
测序公司给客户什么结果,这个我还真不知道,因为我没找过测序公司的。不过,我想应该是与收费高低有关吧,服务费越高,应该结果越详尽吧。至少 fastq文件应该是有的。 ...

是啊,以前没接触过MiSeq,测序公司推荐做这个,报价好几千呢,怕做不出结果,心虚啊
8楼2013-12-09 13:30:29
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