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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » SIESTA初安装，TEST出现问题
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cyxlcd

金虫 (小有名气)

[求助] SIESTA初安装，TEST出现问题

装上SIESTA3.1
进入TEST h2o文件夹
make
出现以下错误：
[root@localhost h2o]# ls
h2o.fdf  h2o.pseudos  makefile  siesta  work
[root@localhost h2o]# make
>>>> Running h2o test...
    ==> Copying pseudopotential file for H...
    ==> Copying pseudopotential file for O...
    ==> Running SIESTA as ../../../siesta
/bin/sh: ../../../siesta: No such file or directory
make: *** [completed_work] Error 127


请教大家，这是什么原因？
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1楼 2013-11-28 16:44:20
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
印象中3.1不是直接make，而是先要configure，貌似是在src的文件夹。
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2楼2013-11-28 18:03:03
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cyxlcd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2013-11-28 18:03:03
印象中3.1不是直接make，而是先要configure，貌似是在src的文件夹。

谢谢回复，如何configure,可以说详细点吗？我初学这个，按照说明书上做的。
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3楼2013-11-29 17:36:06
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★ ★ ★
cyxlcd(ben_ladeng代发): 金币+6, 代楼主发放金币 2013-12-06 08:52:35
首先进入siesta的目录，cd ~/siesta

进入Src，cd Src

运行./configure，此时生成了arch.make

然后根据你的环境变量进行修改即可。vi arch.make

最后直接make就行了。
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4楼2013-11-29 23:40:12
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyxlcd at 2013-11-29 17:36:06
谢谢回复，如何configure,可以说详细点吗？我初学这个，按照说明书上做的。...

写错了，应该是先进入siesta/obj，然后../src/configure之后，修改arch.make，再make
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5楼2013-11-30 00:04:10
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyxlcd at 2013-11-29 17:36:06
谢谢回复，如何configure,可以说详细点吗？我初学这个，按照说明书上做的。...

你可以详细看看/siesta/obj下面的README已经写的很清楚了
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6楼2013-11-30 00:06:46
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by cyxlcd at 2013-11-29 17:36:06
谢谢回复，如何configure,可以说详细点吗？我初学这个，按照说明书上做的。...

唉，太久不弄有点忘了，刚刚我自己重新编译了一下。我就再写一遍，上面的就别看了。
先是进入cd ~/siesta/obj
执行../Src/obj_setup.sh
执行../Src/configure
修改arch.make如数学库、MPI等
最后make
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7楼2013-11-30 00:14:50
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cyxlcd

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2013-11-30 00:14:50
唉，太久不弄有点忘了，刚刚我自己重新编译了一下。我就再写一遍，上面的就别看了。
先是进入cd ~/siesta/obj
执行../Src/obj_setup.sh
执行../Src/configure
修改arch.make如数学库、MPI等
最后make...

多谢你的详细回复，我之前是按照说明书上的的编译安装过：
../Src/obj_setup.sh
得到arch.make
make
然后出现了问题。
我看了你的回复，又按你的方法做了一遍，即：“先是进入cd ~/siesta/obj
执行../Src/obj_setup.sh
执行../Src/configure
最后make”然后回到test h2o文件夹中，仍然出现一样的问题。
我想是不是因为我没有修改arch.make文件？我现在只是初步安装，还没有涉及并行运算，所以我就没有更改这个文件。
请问你：只需串行的安装，需要如何修改arch.make？
非常感谢你的帮忙！
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8楼2013-12-04 11:22:21
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
8楼: Originally posted by cyxlcd at 2013-12-04 11:22:21
多谢你的详细回复，我之前是按照说明书上的的编译安装过：
../Src/obj_setup.sh
得到arch.make
make
然后出现了问题。
我看了你的回复，又按你的方法做了一遍，即：“先是进入cd ~/siesta/obj
执行../Src/ob ...

只需要串行的话，编译器FC=gfortran，不要选择为mpif90，和MPI有关的lib都可以#掉。

你给出来的问题
root@localhost h2o]# make
>>>> Running h2o test...
    ==> Copying pseudopotential file for H...
    ==> Copying pseudopotential file for O...
    ==> Running SIESTA as ../../../siesta
/bin/sh: ../../../siesta: No such file or directory
make: *** [completed_work] Error 127
从情况上看，应该是test的时候脚本未找到你siesta程序的位置，我刚开始认为你编译可能没成功。你编译过程中make后是否报错？并且检查一下你编译出来siesta生成的位置。如果你的siesta位置不是h2o那个目录的../../../，那么你可以修改h2o下的那个makefile指明siesta的路径。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

cyxlcd
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9楼2013-12-04 23:41:43
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cyxlcd

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2013-12-04 23:41:43
只需要串行的话，编译器FC=gfortran，不要选择为mpif90，和MPI有关的lib都可以#掉。

你给出来的问题
rootlocalhost h2o]# make
>>>> Running h2o test...
    ==> Copying pseudopotential f ...

非常感谢! 金币不知道怎么给.先送个红花。能弄清楚了再补上金币！
我明白问题出在哪里了！是路径！
我的makefile是：
“#
# Single-test makefile
#
name=h2o
#
include ../test.mk”
我不知道哪个地方改成siesta的路径,于是我把整个文件夹"h2o"换了一个位置，然后发现make成功了！
于是问题变成了：如何在不改文件夹路径而是改makefile的siesta路径，能make成功？
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10楼2013-12-05 16:51:22
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