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箫箫客

银虫 (小有名气)

[求助] 设计引物装载体 求高手

设计引物一定要保证是3的倍数吗?如果不是3的倍数会不会载入载体后会发生移码吗?一般把目的片段装入载体时会考虑载体上的移码而不会考虑获得的PCR序列,到底要不要考虑呀,突然想到这个问题,有点头大
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sinoer

铜虫 (小有名气)

gyesang: 屏蔽内容, 论坛没有广告! 2013-11-27 01:40:08
本帖内容被屏蔽

2楼2013-11-26 23:16:13
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zh10246

铁杆木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不一定是3的倍数;
移码与否与是否是3的倍数无关;
一般不要考虑,都会是IN FRAME;极个别情况要考虑是否IN FRAME
3楼2013-11-27 01:20:22
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖


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箫箫客: 金币+1, 有帮助 2013-12-01 11:48:36
引物的碱基数不一定是3的倍数啊,在你装完载体后,从你基因前的第一个ATG数到你基因ATG的时候,一定要是3的倍数,否则就移码,你装完载体,可以电子翻译一下试试看看你这么克隆是否会造成移码
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2013-11-27 01:42:46
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holyhawk

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-27 15:47:24
箫箫客: 金币+2, 有帮助 2013-12-01 11:47:52
回答: 引物设计首先要针对你的实验目的。如果上载体,如果你的cDNA带有ATG,凡是没有N-端融合表达情况的,一般不用考虑3的倍数和ATG的问题。反之必须考虑ATG的情况,要保证不要出现移码问题,所以引物要考虑的因素要增加一个。多长倒不是大问题,配对区在18到20个左右,配对区TM合适,前面你想加多长理论上都可以。
          建议用TOPO系列的载体,真核原核表达的都可以,一步PCR,不用回收,不用酶切,直接上TOPO载体连接,5分钟后转化感受态细胞,第二天挑克隆,最多第三天酶切得到合适的克隆;测序一天,第五天得到正确的质粒。 差不多是一周的时间得到,同时细胞或动物,或细菌在这周空闲时间准备好了,下周可以直接上。呵呵。
5楼2013-11-27 03:10:18
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swani

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-11-27 15:47:30
箫箫客: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-12-01 11:48:12
设计的引物如果涉及转录和翻译的必须考虑碱基3的倍数问题!这就像我们喝水的时候一定要考虑温度一样,但是你可以喝凉水也可以喝热水,根据具体的试验设计不同的引物,不一定必须是3的倍数,适合你的试验就好。
6楼2013-11-27 06:54:00
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三蛰

铜虫 (小有名气)

我不会!
7楼2013-11-27 15:54:51
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zz53qq53

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不一定,一般有12碱基与模板保持配对,引物就会稳定结合在模板上,不会出现位置偏移
8楼2013-11-27 16:24:21
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