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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 求扩散系数 出错
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王慧1021

金虫 (小有名气)

[求助] lammps 求扩散系数 出错

LAMMPS (7 Jul 2009)
Scanning data file ...
ERROR on proc 0: Unknown identifier in data file: 1920  0  6  0.125  19.374  6.458  11.5262
rank 0 in job 1  buct-mnode09_44350   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9
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1楼 2013-11-14 17:17:07
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-11-17 11:12:27
王慧1021: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-11-17 23:15:06
引用回帖:
5楼: Originally posted by 王慧1021 at 2013-11-15 19:53:48
我原来用的原子类型是atomic,不用考虑键角等，现在换了气体，需要考虑了...

你得参考一些基本的力场来获得这些参数，比如说OPLS,CHARMM, Amber，google这些力场就可以找到与它们相关的网页或者文献。
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6楼2013-11-17 00:09:24
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢应助。 2013-11-15 09:54:42
确定你data文件里的atom部分的行数与你data文件开头的原子数相等？确定你atom部分的格式与你的atom style相符合？

p.s. 你的lammps版本比较旧，建议用新一点的。
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王慧1021
2楼2013-11-14 23:54:27
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王慧1021

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2013-11-14 23:54:27
确定你data文件里的atom部分的行数与你data文件开头的原子数相等？确定你atom部分的格式与你的atom style相符合？

p.s. 你的lammps版本比较旧，建议用新一点的。

请问bond_coeff  和 angle_coeff参数怎么求呢
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3楼2013-11-15 18:27:40
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-16 13:38:15
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-16 16:45:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by 王慧1021 at 2013-11-14 22:27:40
请问bond_coeff  和 angle_coeff参数怎么求呢...

这些参数难道不已经在in或者data文件里输入了？
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4楼2013-11-16 03:45:13
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