| 查看: 1967 | 回复: 5 | ||||
tim562944200金虫 (小有名气)
|
[求助]
MS模拟 周期性条件 没有看到分子进入模拟盒
|
| 用MS模拟，在三个方向都采用周期性边界条件，但是模拟过程中有分子跑出模拟盒，没有在此方向另一个面看到有分子进，请问是MS本来就看不到有分子进来，还是我的设置可能有问题？求高手解答 |
回复此楼» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有6人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有11人回复
-
时间戳又变了
已经有19人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有14人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有13人回复
-
人气不行了
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有18人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
-
我面上完蛋了
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有25人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS修改键长，MS画石墨烯，MS文件导入LAMMPS
已经有3人回复
- MS6.0处理石墨烯分子
已经有6人回复
- MS模拟气体扩散时的参数设置问题
已经有4人回复
- Dmol3计算周期性体系振动频率时k点的设置问题
已经有3人回复
- MS中如何设置将分子放在模拟盒子的中心处
已经有15人回复
- 用lammps模拟填充水的碳管的热导率，能设置碳管为固定边界，水为周期性边界条件吗？
已经有6人回复
- MS模拟结果文件被移动了，之后就打不开了
已经有9人回复
- MS建设石墨烯纳米带为什么周期性没有了？
已经有9人回复
- 分子动力学模拟时如何利用周期性边界条件？？
已经有5人回复
- MS模拟扩散系数时，MSD曲线问题
已经有8人回复
- 用MS模拟纳米材料的热力学性质问题
已经有9人回复
- MS在模拟高分子构象不对！
已经有19人回复
- MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？
已经有7人回复
- MS模拟体系中水分子数目应该怎样设置？
已经有9人回复
- 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
已经有20人回复
- 周期性边界条件相关问题
已经有6人回复
- 用MS中的Forcite计算冰，结果发现温度波动异常的大，感觉像做周期性的震荡衰减
已经有6人回复
- 周期性边界造成的RMSD异常值
已经有12人回复
- CP2K 跑 MD 为什么分子跑到了周期性格子外面
已经有5人回复
- 在MS的DPD模拟中，如何使粗粒化分子具有刚性结构？
已经有15人回复
- 请问周期性边界条件什么意思？
已经有6人回复
- NPT系综的平衡问题
已经有10人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【讨论】周期性边界条件什么时候用
已经有11人回复
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10372
- 散金: 3286
- 红花: 167
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
2楼2013-11-12 10:02:16
tim562944200
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 963.2
- 散金: 297
- 红花: 4
- 帖子: 210
- 在线: 100.5小时
- 虫号: 2525506
- 注册: 2013-06-29
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
3楼2013-11-13 14:52:04
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10372
- 散金: 3286
- 红花: 167
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-13 15:15:57
tim562944200: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-11-13 16:57:53
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-13 15:15:57
tim562944200: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-11-13 16:57:53
|
周期性条件，任意两个重复单元等效 无穷大空间中任意取4个盒子 定义l、m两个对立的边 粒子从B的l面飞出=从A的m面飞入 因为AB等效，所以从l面飞出必定有从对立的m面飞入，即使因为软件的设置你可能没看见【display style——lattice——incell、original、default】 如果你理解并确定使用了周期性条件，根本不用纠结有什么东西出去有什么东西进来，你开始建模格子里多少原子，以后都不会变  |
4楼2013-11-13 15:05:38
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10372
- 散金: 3286
- 红花: 167
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2013-11-13 15:16:09
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2013-11-13 15:16:09
 “走”得再远又怎么样 无穷大空间 无数格子 从来没消失过 一个格子还是那么多原子  |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
tim5629442005楼2013-11-13 15:13:27
tim562944200
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 963.2
- 散金: 297
- 红花: 4
- 帖子: 210
- 在线: 100.5小时
- 虫号: 2525506
- 注册: 2013-06-29
- 性别: GG
- 专业: 工程热物理相关交叉领域
6楼2013-11-13 16:16:56
40