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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于同源度的问题
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mryang1987

木虫 (著名写手)

[求助] 关于同源度的问题

我想请教一下植物细胞中的某种蛋白与相同名字的动物细胞中的蛋白的同源度高不高？例如植物细胞中的纤连蛋白与动物细胞中的纤连蛋白相比，同源度高不高？
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1楼 2013-10-23 08:53:37
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hl16010921

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1.利用NCBI的blast，直接在线进行比对，找到你的目的基因，可以选择blast的种属和类型。
2.可以进行同源比对，一般拿到你想要的序列然后用bioedit等序列比对软件对序列进行多重比对。
我只会这些入门级的，希望对LZ有帮助
另外有些蛋白名字一样不一定是同源蛋白，而名字不一样也可能是同源蛋白。blast保险些。
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2楼2013-10-23 10:04:56
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Davidzjy

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个肯定要具体问题具体分析
不同种类和功能的蛋白在进化过程之中的保守度不尽相同
因此 还是最好使用blast来检查该蛋白在不同物种之间的序列相似度
同时blast还可以获取有兴趣类似蛋白的序列 再利用clustal等工具 可以对其进行多重序列比对 来发现它们中的相似区域
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3楼2013-10-23 11:59:01
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做蛋白的话，用uniprot 上的blast吧，然后再看同源度。
你的问题太open，可以有很多条蛋白，blast是最好的。
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4楼2013-10-24 07:26:59
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happy361

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
纠正一下，那个应该叫相似度，同源度是进化上的关系，需要做实验来验证的。blast之后看similarity就可以。
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5楼2013-10-24 20:58:06
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mryang1987

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by happy361 at 2013-10-24 20:58:06
纠正一下，那个应该叫相似度，同源度是进化上的关系，需要做实验来验证的。blast之后看similarity就可以。

是不是ident那一栏？
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6楼2013-10-26 08:13:27
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happy361

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by mryang1987 at 2013-10-26 08:13:27
是不是ident那一栏？...

对，看着两个指标都可以。
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7楼2013-10-26 09:13:27
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