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zhouyangjue

银虫 (小有名气)

[求助] 看看咱这个电泳图,菜鸟根本不懂。。

普通凝胶电泳图,三个2000的mark,目的片段630左右,用的PCR引物GC-341f和907r,PCR条件为
94 ℃预变性 5min;接下来是 94 ℃变性 30 s,50 ℃退火 30 s,72 ℃延伸 1 min,30 个循环;72 ℃延伸 10 min,最后 4 ℃保温。
PCR体系为50ul。引物浓度为0.4umol/L。其他的酶、dNTP、和镁离子都是买的混合好的。大家帮我看下我这个是怎么回事,我接下来想做DGGE。
问题1:这个电泳图胶有没有问题,出现这个样子是什么原因啊。
问题2:目的条带位置是对的,想知道后面那些东西是什么?
问题3:接下来是要做DGGE的,这样有没有影响,是否需要重新进行PCR,重新进行的话应该如何调整。
希望大家可以指导我一下,师兄没有做的,独自摸索,望得到指导。问题可能有点菜,希望大家不要介意,耐心解答。
看看咱这个电泳图,菜鸟根本不懂。。
Image9.jpg
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zhouyangjue

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Les_書t at 2013-10-21 11:12:53
不能说帮助,只能是说尽我所能帮你看看~
问题一、就结果而言,这个电泳图没有问题,因为你要的结果出来了630,你的目的条带很明显,出现这个样子的原因包括很多。结合问题二,原因可能是循环数过高,退火温度可能有 ...

做DGGE效果不好是什么意思?是测序测不出来还是DGGE就不能成啊,我这个PCR条件优化从哪里着手?像楼上说的切胶回收之后做DGGE可以么?
5楼2013-10-21 11:55:45
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黑盖儿

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-10-21 10:10:26
zhouyangjue: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-10-21 11:40:41
PCR电泳图很好,很正常,至于后面的那些东西我觉得不用理他,先做胶回收吧,也许做完胶回收就没有那些乱七八糟了。我们的PCR程序跟你有点不太一样,预变性温度都是95度,5min,变性是94度,1min,估计差别应该不大。
我给不了你宝马香车,锦衣玉食,但我会用一辈子去疼你,爱你,保护你
2楼2013-10-21 09:48:18
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Les_書t

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhouyangjue: 金币+4 2013-10-21 11:52:54
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-10-23 16:09:00
zhouyangjue: 金币+4 2013-10-30 11:39:53
不能说帮助,只能是说尽我所能帮你看看~
问题一、就结果而言,这个电泳图没有问题,因为你要的结果出来了630,你的目的条带很明显,出现这个样子的原因包括很多。结合问题二,原因可能是循环数过高,退火温度可能有点低,模板和引物的配比可能有点高等,详情可以搜索PCR扩增出现非特异性条带(杂带)的原因。
问题二、目的条带位置对的,后面的阴影是非特异性目的条带,也就是所谓的杂带。后面那个白色的拖带不是太影响。
问题三、就目的而言,可以做DGGE,但是可能效果不好,因为杂带的影响。会导致结果误差。建议优化下PCR实验条件,使得干菜那个图只有清晰的特异性条带,没有杂带和二聚体等其他的影响因素。这样做DGGE效果会最好。而且很容易得出你需要的实验结论。否则效果不好判别。
希望对你有帮助……
Hey,Jude!
3楼2013-10-21 11:12:53
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zhouyangjue

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 黑盖儿 at 2013-10-21 09:48:18
PCR电泳图很好,很正常,至于后面的那些东西我觉得不用理他,先做胶回收吧,也许做完胶回收就没有那些乱七八糟了。我们的PCR程序跟你有点不太一样,预变性温度都是95度,5min,变性是94度,1min,估计差别应该不大。

切胶回收之后接着做DGGE么?只是不知道这个东西的影响啊
4楼2013-10-21 11:13:13
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