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AUTODOCK 分子对接 gpf对接参数问题
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记得这个文件中一定要有以下一行： map hsg1_rigid.A.map # atom-specific affinity map 否则后面会报错的说没有A.map生成（这跟CA－CB间的键没有关系的） 看见有PPT教程里写了上面这段话，可是没有map hsg1_rigid.A.map # atom-specific affinity map ，且确实报错说“sorry，I can't find or open hsg1_rigid.A ”怎么添加啊？Edit GPF里面虽然可以修改（通过read 和write 键）但是修改后又会有新的错误，譬如 not enough map keywords found 等等，求帮忙啊！不慎感激！！！ |
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therotyonth
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【答案】应助回帖
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Autodock的步骤如下：（蓝色字体表示实际操作步骤） 1. 在4BGY.pdb文件中将水和1分子木糖去除。 2. 软件部分。 (1) 首先确定工作文件夹（不能有中文目录）： File>Preferences>Set…>在第三个空里填入工作目录如“E：/dock”>Make Default (2) 在PMV中打开受体大分子4GBY.pdb，加氢、加电荷并保存.pdbqt文件。 File>Read Molecule>4GBY.pdb>打开 Edit>Hydrogens>Add>点“OK” Edit>Charges>Compute Gasteiger Grid>Macromolecule>Choose…>选择4GBY后点“Select Molecule”>弹出的窗口点“确定”>弹出对话框点“保存”自动保存4GBY.pdbqt 为避免打开多个分子时需要选择的问题，可Delete大分子4GBY (3) 在PMV中打开配体小分子ex4.pdb，加氢、加电荷、加Root，保存.pdbqt文件。 File>Read Molecule>ex4.pdb>打开 Edit>Hydrogens>Add>点“OK” Edit>Charges>Compute Gasteiger Ligand>Torsion Tree>Detect Root… Ligand>Torsion Tree>Show Root Expansion Ligand>Torsion Tree>Show/Hind Root Marker Ligand>Torsion Tree>Choose Torsions…>Done Ligand>Input>Choose…>选择ex4后点“Select Molecule for Autodock 4” Ligand>Output>Save as PDBQT…>保存 为避免打开多个分子时需要选择的问题，Delete ex4 3. Autogrid Grid>Macromolecule>Open…>4GBY.pdbqt>弹出的所有窗口点Yes、OK或确定 Grid>Set Map Types>Open Ligand…>选择“ex4.pdbqt”>打开 Grid>Grid Box…>确定box的位置>在打开的调节窗口中点“File”>Close saving current Grid>Output>Save GPF…>保存文件名如“4GBY.gpf”>保存 在电脑“开始”菜单中打开cmd命令窗口，输入所在工作目录及autogrid4命令，回车： 跑完之后工作目录里多出除.pdb、.pdbqt和.gpf之外的多个文件。（如上图） 4. Docking Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>选择并打开4GBY.pdbqt Docking>Ligand>Open…>打开ex4.pdbqt>Accept Docking>Ligand>Choose…>选择ex4，点“Select Ligand”>Accept Docking>Search Parameters>Genetic Algorithm…>Accept Docking>Docking Parameters…>Accept Docking>Output>Lamarckrian GA(4.2)…>保存.dpf文件 在开始菜单中调出cmd命令框，输入如下图所示命令，回车： 若工作文件夹里没有出现.dlg文件则： Run>AutoDock…>出现如下对话框>在Log Filename里敲上“4GBY.dlg”，同时在Cmd中输入与上图相同的命令（即加上4GBY.dlg）>Launch 出现下图所示Autodock Process Manager窗口，等待程序跑完（5-10min），窗口消失。 5. 看Docking结果： 删除PMV中已打开的所有分子 Analyze>Dockings>Open…>选择并打开4GBY.dlg文件>出现的对话框都点Yes或确定 Analyze>Macromolecue>Open Analyze>Conformations>Play… 我是按照这个教程来的，最后你说的那个文件是自动生成的，确实没有要手动输入的。 |
4楼2013-10-11 18:03:30
科妍2楼2013-10-03 16:29:08
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therotyonth
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7楼2013-10-16 08:51:55
【答案】应助回帖
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为什么不使用柔性对接，总的来说“费力不讨好”的事情！ 具体讨论可以参考： 关于AUTODOCK柔性对接的问题 http://bioms.org/thread-840-1-1.html |
8楼2013-10-18 16:15:16
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过烟云烟
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