| 查看: 2491 | 回复: 6 | ||||
[交流]
测序需要生物学重复！（转载）
|
||||
|
新一代测序技术被誉为测序技术中的“工业革命”，作为基因组学研究的主要技术手段之一，它有着令人振奋的优点： 更加灵活，可检测任何物种，不受探针设计限制，能发现新的核酸序列； 更加灵敏，能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本； 更加精确，数字化信号，单核苷酸分辨率的精度。 Question：新一代测序技术是否需要生物学重复？ Answer：需要。测序技术离不开生物学重复！ 在过去的几年中，由于新一代测序技术的优越性以及高成本，导致了部分杂志编辑忽略了 “生物学重复”的重要性。但是，随着测序技术应用的推广和成本降低，杂志编辑对文章的要求也不断提高，严谨的实验设计会越来越受到优秀杂志的青睐。2011年7月发表在《Nature Biotechnology》上的一篇文章为研究者以及杂志审稿人敲响了警钟——测序技术并不能消除生物学差异。和芯片技术一样，测序技术也需要生物学重复！ 文章中，研究者将两组转录组测序数据（生物学重复样本数分别为n=60和n=69）和对应的表达谱芯片数据（n=43, n=51）进行比对。结果发现，用测序和芯片技术研究相同的细胞，同一基因在不同生物学重复样本间表达水平的差异（SD值）是相似的（图a和图b）。结果说明，生物学差异是基因表达自身的特性，与检测技术的选择以及数据处理的方式无关。 同时，研究者用测序技术和芯片分别检测COX4NB和RASGRP1基因。结果发现， 同一实验组内，COX4NB在生物学重复样本中表达差异非常小；但在同样情况下RASGRP1的生物学差异很大（图c）。 结果意味着：不同实验组间COX4NB的表达水平的变化存在研究意义；而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。所以，设计的实验如果没有生物学重复，或者生物学重复的数量不够，就不能得到有统计意义的实验结果；获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现，并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。由此可见，生物学重复对于测序实验的设计以及实验数据的解读和分析非常重要。  上图：应用测序和芯片技术研究相同细胞系，比较两种技术的得到的数据的生物学差异。 (a) 基因表达的生物学差异（SD值）散点图。 X 轴：芯片数据的标准偏差值（样本量n=43） Y 轴：测序数据的标准偏差值（样本量n=60） (b) 另一组数据的生物学差异（SD值）散点图。 X 轴：芯片数据的标准偏差值（样本量n=51） Y 轴：测序数据的标准偏差值（样本量n=69） (c) COX4NB和RASGRP1基因在生物学重复样本中表达值的散点图。 左边红色：COX4NB基因表达值的散点图生物通 右边蓝色：RASGRP1基因达值的散点图 上面一行：测序数据的散点图生物通 下面一行：芯片数据的散点图 参考文献：Sequencing technology does not eliminate biological variability. Kasper D Hansen, Zhijin Wu, Rafael A Irizarry & Jeffrey T Leek. Nat Biotechnol., 2011. 29(7): 572–573. |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 基因芯片VS基因测序 |
» 猜你喜欢
PRMT5·MTA 抑制剂 MRTX1719 的科研应用
已经有0人回复
-
SW033291 科研使用解析：分子特征、储存与实验获取要点
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有82人回复
-
泛 RAS 抑制新思路：大环肽拟似物如何同时牵住突变型与野生型 RAS？
已经有0人回复
-
TYK2/JAK1 双靶点工具化合物 Brepocitinib：激酶选择性、研究进展与实验应用全解析
已经有0人回复
-
矢车菊素-3-O-葡萄糖苷质控实录：从一张HPLC图谱读懂纯度与稳定性
已经有0人回复
-
恩诺沙星（Enrofloxacin）科研解析：分子特征、LC-MS/MS 检测与实验室使用要点
已经有0人回复
-
Calderasib理化性质与实验操作技术笔记
已经有0人回复
-
RMC-6291怎么用？RAS(ON) 三重复合物工具化合物的实验室实操要点
已经有0人回复
-
苯并呋咱全解析：NBD 荧光衍生化试剂母核的化学特性与实验室应用
已经有0人回复
-
生物质炭与活化剂氢氧化钾混合注意事项
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 彩图版生物学 Biology.6th.ed.-.Raven.Johnson（已搜索无重复）
已经有156人回复
- 各种分子生物学分析软件（DNA、蛋蛋白质测序）大集合
已经有5人回复
- 双向电泳技术重复还是生物学重复
已经有8人回复
- 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！
已经有13人回复
- 基因芯片需要做重复吗？
已经有11人回复
- 生物学实验中“重复”的意思
已经有6人回复
- 构建了个基因的表达载体，发现有一个氨基酸发生突变
已经有10人回复
- 一个关于全基因组测序的问题
已经有6人回复
- 荧光定量PCR cDNA怎么定量啊？
已经有12人回复
- 【分享】一些难得的生物学资料，费老大功夫找到的【已搜索无重复】
已经有86人回复
- 【求助/交流】测序信号弱
已经有6人回复
- 求教：水稻诱变后代突变体的检测方法
已经有7人回复
- 生物学软件介绍及其下载地址【学生物的会很有用】
已经有24人回复
- 微生物学考研资料1(沈萍版同步）免币分享
已经有67人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
2026年人文教育与社会发展国际会议（HESD 2026）
+1/855
-
诚征女友
+1/498
-
深圳｜91年IT研发，期待一份不必伪装的长久陪伴。
+5/400
-
深圳｜91年IT研发，期待一份不必伪装的长久陪伴
+5/385
-
中国农大 课题组招收2027年9月入学的考核制博士生
+5/130
-
[Sensors] 特刊征稿
+1/94
-
上海交通大学招聘塑料催化裂解/甲醇重整制氢等方向博士后
+1/86
-
沈阳工业大学 环境电化学技术研究团队 招收硕士研究生（学硕/专硕）
+2/76
-
中国科大-合肥国家实验室冷原子量子网络团队招聘启事
+2/70
-
[Mathematics] 特刊征稿
+1/42
-
爱丁顿实验
+1/33
-
高分辨质谱测试丨科研单位对外服务
+1/20
-
蛋白翻译后修饰：解码细胞功能调控的分子密码
+1/4
-
生物发酵罐气体智能管控，层流质量流量控制器如何赋能？
+1/4
-
委托检验的安全锁：质量保证协议，你签了吗？
+1/3
-
细胞检定样品，您用对了吗？
+1/2
-
ICoAAD（建筑、艺术与设计）
+1/2
-
仪器验证全生命周期管理：检测数据精准与否的前提
+1/2
-
单细胞VDJ测序：从B细胞库中精准挖掘抗体药优势克隆
+1/1
-
CAHSS（艺术、人文与社会科学国际会议）
+1/1
2楼2013-09-09 23:57:59
3楼2013-09-10 13:10:37
4楼2013-09-10 14:22:14
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wybiology: 金币+1 2013-09-13 13:19:20
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
wybiology: 金币+1 2013-09-13 13:19:20
|
本帖内容被屏蔽 |
6楼2013-09-11 09:24:24
7楼2013-09-13 13:14:57
简单回复
2013-09-10 14:27
回复
