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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
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mengsk

金虫 (著名写手)

[交流] Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？

Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？比如初始时刻，分子中每个原子所带电荷，跑完动力学之后，每个原子所带的电荷有所不同。
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1楼 2013-08-31 14:53:02
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2013-09-02 05:22:05
原子电荷不随与周围分子相互作用而极化，是非可极化力场的基本近似。这个近似相当于忽略了原子电荷的波动，这个误差对大多数体系的宏观性质并没有太大的影响，因为模拟与实验的宏观性质的误差在10%之内是可以接受的 ...

分析的很详细，非常感谢！
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5楼2013-09-02 09:23:31
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yuxiaolin

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+2, 非常感谢，这和我了解的一样。看他们做小分子溶剂化的动力学，好像分子上的电荷可以被溶剂影响 2013-09-01 12:16:50
不可以。 几乎所有的MM模拟都不可能出现电荷的变化，就像化学反应中那样。
因为电荷是力场参数，一旦选定力场，就不可变化。
有一种力场叫化学反应力场也许可以做到。
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3楼2013-09-01 08:13:55
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
原子电荷不随与周围分子相互作用而极化，是非可极化力场的基本近似。这个近似相当于忽略了原子电荷的波动，这个误差对大多数体系的宏观性质并没有太大的影响，因为模拟与实验的宏观性质的误差在10%之内是可以接受的。

极化力场中有种可变电荷力场，专门是为了模拟原子电荷在模拟中有较大变化的体系。不过NAMD和GROMACS都不支持。

建议：如果你的分子是柔性的，即非刚体分子，那么你可以分析分子整体偶极矩的变化和分布。因为分子的几何结构在模拟中会随着静电作用而变形，相当于一定程度的极化。
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4楼2013-09-02 05:22:05
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