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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 实现annealing退火过程
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 实现annealing退火过程

各位大侠能否指点一二。
最近做annealing退火过程时，看到文献上有这样的描述：温度范围为300-500K,温度间隔为20K，在每个间隔中进行NPT动力学100ps，在达到每个温度点（如：320K、340K）时又要进行5ns的NPT动力学。
但是我用forcite实现annealing过程时，系综只有NVE和NVT，并没有NPT；还有怎样设置在达到温度点之后进行5nsNPT呐？
附件中是从文章中接下来的annealing过程[ 来自小组 寂寞大虫家族 ]
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  • 附件 1 : annealing.doc
    • 2013-08-20 17:55:23, 76 K

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1楼 2013-08-20 17:55:52
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-08-22 10:38:47
1、anneal可以找到NPT系综
我不知道你的是什么结构文件，我这里是周期性结构
实现annealing退火过程


2、按你给的那段话的意思是这么做的：

360——340，100psNPT的anneal task
340：5nsNPT的dynamic task
340——320：同上 一次类推
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2楼2013-08-20 19:25:55
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-08-22 10:38:59
dynamic task一般用上次的anneal task的最后一个结构作为初始结构
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敏sunflower
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3楼2013-08-20 19:29:07
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2013-08-20 19:29:07
dynamic task一般用上次的anneal task的最后一个结构作为初始结构

谢谢pigrass的回复，但是我感觉你说的这个annealing过程好像不对，以300-320k为例，进行annealing过程：温度变化是300-320-300k,也就是说最后温度仍然是300，这样就无法依次进行到500k了吧？！
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4楼2013-08-21 09:48:50
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-08-21 09:48:50
谢谢pigrass的回复，但是我感觉你说的这个annealing过程好像不对，以300-320k为例，进行annealing过程：温度变化是300-320-300k,也就是说最后温度仍然是300，这样就无法依次进行到500k了吧？！...

不好意思
很久没碰退火，也没怎么仔细研究过
刚试了下，可以设置后一次完成整个过程

实现annealing退火过程-1
这是一张anneal的温度图，温度间隔是20K，每个平台的NPT是0.8ps

实现annealing退火过程-2
三个设置
heating ramp per cycle =(500-300)/20K间隔
恒温平台时间=dynamic step per ramp*time step，按你的说明，平台时间是要100ps。至于这两个变量怎么设置最好找找文献


在每个间隔中进行NPT动力学100ps
这个我暂时还没找到，我在想是不是提取那几个温度的结构，分别作dynamic task。因为MD和anneal是不同的task
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5楼2013-08-21 13:19:58
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
更正下

在达到每个温度点（如：320K、340K）时又要进行5ns的NPT动力学
是这里的5ns可能要提取各温度的结构做dynamic的task
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6楼2013-08-21 13:21:43
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-08-22 10:39:25
引用回帖:
4楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-08-21 09:48:50
谢谢pigrass的回复，但是我感觉你说的这个annealing过程好像不对，以300-320k为例，进行annealing过程：温度变化是300-320-300k,也就是说最后温度仍然是300，这样就无法依次进行到500k了吧？！...

没查到你的那篇原文献
不过我找到一篇相近的
可能有些出入，不过相对好理解点


Molecular simulation study of polyurethane membranes
Mahmoud Rahmati, Hamid Modarress*, Reza Gooya

这篇文献的anneal过程差不多
取anneal的最终结构跑dynamic task得到298K 0.1MPa下的稳定结构

实现annealing退火过程-3
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敏sunflower
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7楼2013-08-21 15:19:58
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by pigrass at 2013-08-21 15:19:58
没查到你的那篇原文献
不过我找到一篇相近的
可能有些出入，不过相对好理解点


Molecular simulation study of polyurethane membranes
Mahmoud Rahmati, Hamid Modarress*, Reza Gooya

这篇文献的annea ...

非常非常感谢你！我再好好研究一下，找到答案整理之后告诉你！
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8楼2013-08-22 10:12:40
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
8楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-08-22 10:12:40
非常非常感谢你！我再好好研究一下，找到答案整理之后告诉你！...

好的~
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9楼2013-08-22 10:47:25
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zywzyw6289

新虫 (初入文坛)
您好 我想遇到退火中的问题可以向你请教一下吗

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10楼2018-03-06 22:02:28
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