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敏sunflower金虫 (小有名气)
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实现annealing退火过程
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各位大侠能否指点一二。 最近做annealing退火过程时，看到文献上有这样的描述：温度范围为300-500K,温度间隔为20K，在每个间隔中进行NPT动力学100ps，在达到每个温度点（如：320K、340K）时又要进行5ns的NPT动力学。 但是我用forcite实现annealing过程时，系综只有NVE和NVT，并没有NPT；还有怎样设置在达到温度点之后进行5nsNPT呐？ 附件中是从文章中接下来的annealing过程[ 来自小组 寂寞大虫家族 ] |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : annealing.doc
2013-08-20 17:55:23, 76 K
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2楼2013-08-20 19:25:55
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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-08-22 10:38:59
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| dynamic task一般用上次的anneal task的最后一个结构作为初始结构 |
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敏sunflower3楼2013-08-20 19:29:07
敏sunflower
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4楼2013-08-21 09:48:50
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【答案】应助回帖
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不好意思 很久没碰退火，也没怎么仔细研究过 刚试了下，可以设置后一次完成整个过程  这是一张anneal的温度图，温度间隔是20K，每个平台的NPT是0.8ps  三个设置 heating ramp per cycle =(500-300)/20K间隔 恒温平台时间=dynamic step per ramp*time step，按你的说明，平台时间是要100ps。至于这两个变量怎么设置最好找找文献 在每个间隔中进行NPT动力学100ps 这个我暂时还没找到，我在想是不是提取那几个温度的结构，分别作dynamic task。因为MD和anneal是不同的task |
5楼2013-08-21 13:19:58
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-08-22 10:39:25
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-08-22 10:39:25
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没查到你的那篇原文献 不过我找到一篇相近的 可能有些出入，不过相对好理解点 Molecular simulation study of polyurethane membranes Mahmoud Rahmati, Hamid Modarress*, Reza Gooya 这篇文献的anneal过程差不多 取anneal的最终结构跑dynamic task得到298K 0.1MPa下的稳定结构  |
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7楼2013-08-21 15:19:58
敏sunflower
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8楼2013-08-22 10:12:40
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好的~ 9楼2013-08-22 10:47:25
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