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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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guowei1025

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 求助:关于分子对接

我想获得一个药物和一个酶结构的定量构效关系, 对此不怎么了解,寻求帮助
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wangkaibo123

新虫

kerry

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
guowei1025: 金币+5 2013-07-31 08:34:53
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗?
Domyallbesttohaveahappylife.
2楼2013-07-29 21:23:51
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guowei1025

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangkaibo123 at 2013-07-29 21:23:51
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗?

我下载安装了autodock相关的工具,并且按照说明书进行了对接,但是没有能获得可以使用的结果
3楼2013-07-29 22:26:58
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guowei1025

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangkaibo123 at 2013-07-29 21:23:51
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗?

因为我不是学这个专业的,只是有个实验结果想与对接的结果进行一下相互验证。如果您懂的话请帮助我一下,非常感谢
4楼2013-07-29 22:38:49
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dejunchem

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

呵呵首先得确定什么是定量构效关系,一个化合物哪来的构效关系啊。
其次分子对接和定量构效关系又是不相关。
5楼2013-07-30 17:11:37
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guowei1025

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
5楼: Originally posted by dejunchem at 2013-07-30 17:11:37
呵呵首先得确定什么是定量构效关系,一个化合物哪来的构效关系啊。
其次分子对接和定量构效关系又是不相关。

o,这样啊。那先解决分子对接的问题吧。是这样的:一个常用化合物与一个逆转录病毒酶的对接。我用autodock完成,但是结果提示我所设置的酶的构象not a docked conformation.我不明白哪里出错了?是不是设置对接的氨基酸错了?
6楼2013-07-30 19:25:49
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HUANGWW822

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没事需要到pdb数据库下载晶体结构 一般是带有小分子的复合物 下下来后先进行优化,寻找活性口袋,然后再对接
我有我的幸福
7楼2013-07-30 21:12:35
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dejunchem

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
感觉你可能不太会用autodocK对接,楼上说的正理,你先看看结合的或许口袋,其实就是的你对蛋白和小分子的预处理是不是合适,出现这种错误很又能是蛋白在预处理的时候没有做好,。
8楼2013-07-31 00:41:58
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guowei1025

超级版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
7楼: Originally posted by HUANGWW822 at 2013-07-30 21:12:35
没事需要到pdb数据库下载晶体结构 一般是带有小分子的复合物 下下来后先进行优化,寻找活性口袋,然后再对接

pdb数据库下载的晶体结构能够完成对接。接下来我使用同源建模获得了已知序列的pdb格式,进行对接后就出现上述错误了
9楼2013-07-31 08:27:11
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guowei1025

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
8楼: Originally posted by dejunchem at 2013-07-31 00:41:58
感觉你可能不太会用autodocK对接,楼上说的正理,你先看看结合的或许口袋,其实就是的你对蛋白和小分子的预处理是不是合适,出现这种错误很又能是蛋白在预处理的时候没有做好,。

恩,我是第一次使用autodock, 并且是在网上的说明书指导下使用的,所以遇到好些问题,不过一直在解决。谢谢指导。
我也觉得是蛋白没有处理好,从PDB数据库中下载的结构能够完成对接,但是同源建模获得的结构就会出现错误,不能顺利的完成。所以我很郁闷....谢谢您们的指导了
10楼2013-07-31 08:32:20
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