应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物化学 » 求助：关于分子对接
101/1返回列表
查看: 1466  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

guowei1025

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：关于分子对接

我想获得一个药物和一个酶结构的定量构效关系, 对此不怎么了解，寻求帮助
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

药物化学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-29 21:08:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangkaibo123

荣誉版主 (职业作家)

kerry

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guowei1025: 金币+5 2013-07-31 08:34:53
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗？
赞一下 回复此楼
Domyallbesttohaveahappylife.
2楼2013-07-29 21:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangkaibo123 at 2013-07-29 21:23:51
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗？

我下载安装了autodock相关的工具，并且按照说明书进行了对接，但是没有能获得可以使用的结果
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-29 22:26:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangkaibo123 at 2013-07-29 21:23:51
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗？

因为我不是学这个专业的，只是有个实验结果想与对接的结果进行一下相互验证。如果您懂的话请帮助我一下，非常感谢
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-29 22:38:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dejunchem

金虫 (正式写手)
呵呵首先得确定什么是定量构效关系，一个化合物哪来的构效关系啊。
其次分子对接和定量构效关系又是不相关。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-07-30 17:11:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dejunchem at 2013-07-30 17:11:37
呵呵首先得确定什么是定量构效关系，一个化合物哪来的构效关系啊。
其次分子对接和定量构效关系又是不相关。

o,这样啊。那先解决分子对接的问题吧。是这样的：一个常用化合物与一个逆转录病毒酶的对接。我用autodock完成，但是结果提示我所设置的酶的构象not a docked conformation.我不明白哪里出错了？是不是设置对接的氨基酸错了？
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-30 19:25:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

HUANGWW822

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没事需要到pdb数据库下载晶体结构 一般是带有小分子的复合物 下下来后先进行优化，寻找活性口袋，然后再对接
赞一下 回复此楼
我有我的幸福
7楼2013-07-30 21:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dejunchem

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
感觉你可能不太会用autodocK对接，楼上说的正理，你先看看结合的或许口袋，其实就是的你对蛋白和小分子的预处理是不是合适，出现这种错误很又能是蛋白在预处理的时候没有做好，。
赞一下 回复此楼
8楼2013-07-31 00:41:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by HUANGWW822 at 2013-07-30 21:12:35
没事需要到pdb数据库下载晶体结构 一般是带有小分子的复合物 下下来后先进行优化，寻找活性口袋，然后再对接

pdb数据库下载的晶体结构能够完成对接。接下来我使用同源建模获得了已知序列的pdb格式，进行对接后就出现上述错误了
赞一下 回复此楼
9楼2013-07-31 08:27:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dejunchem at 2013-07-31 00:41:58
感觉你可能不太会用autodocK对接，楼上说的正理，你先看看结合的或许口袋，其实就是的你对蛋白和小分子的预处理是不是合适，出现这种错误很又能是蛋白在预处理的时候没有做好，。

恩，我是第一次使用autodock, 并且是在网上的说明书指导下使用的，所以遇到好些问题，不过一直在解决。谢谢指导。
我也觉得是蛋白没有处理好，从PDB数据库中下载的结构能够完成对接，但是同源建模获得的结构就会出现错误，不能顺利的完成。所以我很郁闷....谢谢您们的指导了
赞一下 回复此楼
10楼2013-07-31 08:32:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 guowei1025 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 大佬帮着分析今年的评审意见？该课题连续申请了三年了，明年要不要换个方向。 100+3 cai-11138 2026-08-31 11/550 2026-09-06 20:49 by archvillain
[文学芳草园] 两块石头 +7 阿美_Lml888 2026-09-03 10/500 2026-09-06 20:08 by 阿美_Lml888
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 19:21 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:41 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 18:21 by eObJPa4gWmp6
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 4/200 2026-09-06 18:09 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 17:49 by eObJPa4gWmp6
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 6/300 2026-09-06 17:21 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 9/450 2026-09-06 17:09 by eObJPa4gWmp6
[博后之家] 广西大学-广州大学招聘博士后 欢迎广大优秀人才！！！ +5 SCSIOyxguo 2026-09-03 8/400 2026-09-06 15:06 by 可爱小花朵
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:29 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +10 瞬息宇宙 2026-09-01 19/950 2026-09-06 11:15 by jiangxuan2004
[论文投稿] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 8/400 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 7ZYIEW2YWn72 2026-09-04 9/450 2026-09-06 06:00 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
[基金申请] 要骂人了，新模版改版就是要淡化问题凝练这种虚的东西，结果有个评委还在说凝练得不够 +9 瞬息宇宙 2026-08-31 17/850 2026-09-02 14:04 by anjeeshine
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭