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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物化学 » 求助：关于分子对接
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guowei1025

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：关于分子对接

我想获得一个药物和一个酶结构的定量构效关系, 对此不怎么了解，寻求帮助
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1楼 2013-07-29 21:08:49
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wangkaibo123

荣誉版主 (职业作家)

kerry

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
guowei1025: 金币+5 2013-07-31 08:34:53
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗？
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Domyallbesttohaveahappylife.
2楼2013-07-29 21:23:51
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guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangkaibo123 at 2013-07-29 21:23:51
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗？

我下载安装了autodock相关的工具，并且按照说明书进行了对接，但是没有能获得可以使用的结果
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3楼2013-07-29 22:26:58
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guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangkaibo123 at 2013-07-29 21:23:51
这得需要软件啊  结构啊 什么的  你们学校有吗？

因为我不是学这个专业的，只是有个实验结果想与对接的结果进行一下相互验证。如果您懂的话请帮助我一下，非常感谢
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4楼2013-07-29 22:38:49
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dejunchem

金虫 (正式写手)
呵呵首先得确定什么是定量构效关系，一个化合物哪来的构效关系啊。
其次分子对接和定量构效关系又是不相关。
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5楼2013-07-30 17:11:37
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guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by dejunchem at 2013-07-30 17:11:37
呵呵首先得确定什么是定量构效关系，一个化合物哪来的构效关系啊。
其次分子对接和定量构效关系又是不相关。

o,这样啊。那先解决分子对接的问题吧。是这样的：一个常用化合物与一个逆转录病毒酶的对接。我用autodock完成，但是结果提示我所设置的酶的构象not a docked conformation.我不明白哪里出错了？是不是设置对接的氨基酸错了？
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6楼2013-07-30 19:25:49
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HUANGWW822

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没事需要到pdb数据库下载晶体结构 一般是带有小分子的复合物 下下来后先进行优化，寻找活性口袋，然后再对接
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我有我的幸福
7楼2013-07-30 21:12:35
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dejunchem

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
感觉你可能不太会用autodocK对接，楼上说的正理，你先看看结合的或许口袋，其实就是的你对蛋白和小分子的预处理是不是合适，出现这种错误很又能是蛋白在预处理的时候没有做好，。
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8楼2013-07-31 00:41:58
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guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by HUANGWW822 at 2013-07-30 21:12:35
没事需要到pdb数据库下载晶体结构 一般是带有小分子的复合物 下下来后先进行优化，寻找活性口袋，然后再对接

pdb数据库下载的晶体结构能够完成对接。接下来我使用同源建模获得了已知序列的pdb格式，进行对接后就出现上述错误了
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9楼2013-07-31 08:27:11
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guowei1025

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dejunchem at 2013-07-31 00:41:58
感觉你可能不太会用autodocK对接，楼上说的正理，你先看看结合的或许口袋，其实就是的你对蛋白和小分子的预处理是不是合适，出现这种错误很又能是蛋白在预处理的时候没有做好，。

恩，我是第一次使用autodock, 并且是在网上的说明书指导下使用的，所以遇到好些问题，不过一直在解决。谢谢指导。
我也觉得是蛋白没有处理好，从PDB数据库中下载的结构能够完成对接，但是同源建模获得的结构就会出现错误，不能顺利的完成。所以我很郁闷....谢谢您们的指导了
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10楼2013-07-31 08:32:20
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