应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 关于TarFisDock 的问题
41/1返回列表
查看: 1059  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

simon_yuan

金虫 (正式写手)

[求助] 关于TarFisDock 的问题

请教各位前辈， TarFisDock 要求输入文件是 mol2 格式。我用ChemDraw绘制结构以后，试着用DS 和 Open Babel 等另存成 mol2 格式，可是上传后都显示无效，是不是需要对转换后的mol2 文件做一些处理？如何处理呢？望指点，多谢各位前辈！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-28 10:30:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

win雨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小分子要是三维的
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-30 17:21:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

simon_yuan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 17:21:16
小分子要是三维的

前辈，我当时就已经在“Online Demo”上将自己画的二维结构转成了三维的mol文件，然后再用Open Babel 转成mol2文件。可是上传后TarfisDock，显示的还是invalid。对mol2文件不需要做什么处理吗？（比如说电荷之类的）我也不知问题出在哪里，望前辈指教，谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-31 07:22:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

simon_yuan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by win雨 at 2013-05-30 17:21:16
小分子要是三维的

本人的3D.mol2文件如下，哪里不妥请前辈指教：
@<TRIPOS>MOLECULE
*****
83 87 0 0 0
SMALL
GASTEIGER
****
CORINA 3.48 0000  08.02.2010
@<TRIPOS>ATOM
      1 C          -3.5737    0.4912    0.1963 C.3     1  LIG1       -0.0279
      2 C          -5.0577    0.5479   -0.1135 C.3     1  LIG1       -0.0056
      3 C          -5.3603    1.9257   -0.7523 C.3     1  LIG1       -0.0572
      4 C          -5.9341    0.4276    1.1301 C.3     1  LIG1       -0.0572
      5 C          -5.4593   -0.5042   -1.1479 C.3     1  LIG1        0.0606
      6 H          -6.5540   -0.5453   -1.1981 H       1  LIG1        0.0599
      7 O          -4.9683   -0.1058   -2.4340 O.3     1  LIG1       -0.3912
      8 C          -4.9246   -1.8886   -0.8080 C.3     1  LIG1       -0.0258
      9 C          -3.4025   -1.8489   -0.6626 C.3     1  LIG1       -0.0447
     10 C          -3.0296   -0.9013    0.4743 C.3     1  LIG1       -0.0255
     11 C          -3.5549   -1.4718    1.7979 C.3     1  LIG1       -0.0590
     12 C          -1.4983   -0.8161    0.6195 C.3     1  LIG1       -0.0320
     13 C          -1.0426    0.6006    0.3081 C.3     1  LIG1       -0.0318
     14 C          -1.6208    1.5759    1.3204 C.3     1  LIG1       -0.0491
     15 C          -3.1577    1.4678    1.2913 C.3     1  LIG1       -0.0489
     16 C           0.4715    0.7203    0.1155 C.3     1  LIG1       -0.0233
     17 C           0.6238    0.8248   -1.4225 C.3     1  LIG1       -0.0588
     18 C           1.2154   -0.5006    0.6170 C.3     1  LIG1       -0.0225
     19 C           0.9878   -0.6535    2.1439 C.3     1  LIG1       -0.0588
     20 C           0.7255   -1.7751   -0.0653 C.3     1  LIG1       -0.0466
     21 C          -0.7854   -1.8099   -0.2779 C.3     1  LIG1       -0.0489
     22 C           2.7219   -0.3870    0.4804 C.3     1  LIG1       -0.0189
     23 C           3.2915    1.0143    0.3803 C.3     1  LIG1        0.0710
     24 C           3.5063    1.5042   -1.0246 C.2     1  LIG1        0.3112
     25 O           3.3602    0.7493   -1.9566 O.2     1  LIG1       -0.2504
     26 O           3.8605    2.7803   -1.2436 O.3     1  LIG1       -0.4802
     27 C           2.4437    1.9935    1.1685 C.3     1  LIG1       -0.0365
     28 C           0.9812    2.0043    0.7501 C.3     1  LIG1       -0.0458
     29 C           4.7011    0.8849    1.0051 C.3     1  LIG1       -0.0365
     30 C           5.5382   -0.0559    0.1491 C.3     1  LIG1       -0.0468
     31 C           4.8989   -1.3927   -0.1814 C.3     1  LIG1       -0.0345
     32 C           5.6084   -1.9764   -1.4197 C.3     1  LIG1       -0.0598
     33 C           5.1207   -2.3693    0.9826 C.3     1  LIG1       -0.0598
     34 C           3.4010   -1.3217   -0.4944 C.3     1  LIG1       -0.0435
     35 H          -3.0812    0.8435   -0.7444 H       1  LIG1        0.0312
     36 H          -6.4230    1.9926   -0.9852 H       1  LIG1        0.0236
     37 H          -5.0910    2.7174   -0.0532 H       1  LIG1        0.0236
     38 H          -4.7799    2.0368   -1.6682 H       1  LIG1        0.0236
     39 H          -5.9752   -0.6147    1.4463 H       1  LIG1        0.0236
     40 H          -5.5126    1.0341    1.9317 H       1  LIG1        0.0236
     41 H          -6.9406    0.7776    0.9005 H       1  LIG1        0.0236
     42 H          -5.2273   -0.6968   -3.1543 H       1  LIG1        0.2098
     43 H          -5.1767   -2.5770   -1.6263 H       1  LIG1        0.0290
     44 H          -5.3894   -2.2664    0.0985 H       1  LIG1        0.0290
     45 H          -2.9587   -1.5016   -1.5951 H       1  LIG1        0.0271
     46 H          -3.0397   -2.8531   -0.4396 H       1  LIG1        0.0271
     47 H          -3.3132   -0.7864    2.6103 H       1  LIG1        0.0235
     48 H          -4.6361   -1.5956    1.7365 H       1  LIG1        0.0235
     49 H          -3.0886   -2.4386    1.9874 H       1  LIG1        0.0235
     50 H          -1.3137   -1.0608    1.6723 H       1  LIG1        0.0309
     51 H          -1.4646    0.8698   -0.6874 H       1  LIG1        0.0309
     52 H          -1.3442    2.5981    1.0627 H       1  LIG1        0.0268
     53 H          -1.2730    1.3386    2.3238 H       1  LIG1        0.0268
     54 H          -3.5563    2.4629    1.0846 H       1  LIG1        0.0268
     55 H          -3.5045    1.1426    2.2668 H       1  LIG1        0.0268
     56 H           1.5722    1.3059   -1.6619 H       1  LIG1        0.0235
     57 H           0.6028   -0.1740   -1.8585 H       1  LIG1        0.0235
     58 H          -0.1964    1.4162   -1.8295 H       1  LIG1        0.0235
     59 H          -0.0751   -0.5555    2.3644 H       1  LIG1        0.0235
     60 H           1.3369   -1.6343    2.4668 H       1  LIG1        0.0235
     61 H           1.5417    0.1217    2.6732 H       1  LIG1        0.0235
     62 H           1.2213   -1.8880   -1.0344 H       1  LIG1        0.0271
     63 H           1.0114   -2.6363    0.5535 H       1  LIG1        0.0271
     64 H          -1.0043   -1.5885   -1.3271 H       1  LIG1        0.0268
     65 H          -1.1458   -2.8232   -0.0657 H       1  LIG1        0.0268
     66 H           3.0851   -0.7404    1.5014 H       1  LIG1        0.0317
     67 H           3.9872    3.0489   -2.1638 H       1  LIG1        0.2951
     68 H           2.8533    3.0072    1.0353 H       1  LIG1        0.0276
     69 H           2.5149    1.7648    2.2389 H       1  LIG1        0.0276
     70 H           0.8180    2.8364    0.0505 H       1  LIG1        0.0271
     71 H           0.3834    2.2298    1.6468 H       1  LIG1        0.0271
     72 H           5.1578    1.8738    1.0295 H       1  LIG1        0.0276
     73 H           4.6029    0.4976    2.0154 H       1  LIG1        0.0276
     74 H           5.8523    0.4453   -0.7719 H       1  LIG1        0.0271
     75 H           6.4769   -0.2602    0.7027 H       1  LIG1        0.0271
     76 H           6.6675   -2.1127   -1.2011 H       1  LIG1        0.0235
     77 H           5.1631   -2.9384   -1.6739 H       1  LIG1        0.0235
     78 H           5.4961   -1.2909   -2.2597 H       1  LIG1        0.0235
     79 H           4.6681   -1.9645    1.8878 H       1  LIG1        0.0235
     80 H           4.6615   -3.3287    0.7445 H       1  LIG1        0.0235
     81 H           6.1901   -2.5079    1.1418 H       1  LIG1        0.0235
     82 H           3.2491   -1.0246   -1.5274 H       1  LIG1        0.0274
     83 H           2.9896   -2.3365   -0.3766 H       1  LIG1        0.0274
@<TRIPOS>BOND
     1     1    10    1
     2     1    15    1
     3     1     2    1
     4     1    35    1
     5     2     3    1
     6     2     4    1
     7     2     5    1
     8     3    36    1
     9     3    37    1
    10     3    38    1
    11     4    39    1
    12     4    40    1
    13     4    41    1
    14     5     6    1
    15     5     7    1
    16     5     8    1
    17     7    42    1
    18     8     9    1
    19     8    43    1
    20     8    44    1
    21     9    10    1
    22     9    45    1
    23     9    46    1
    24    10    11    1
    25    10    12    1
    26    11    47    1
    27    11    48    1
    28    11    49    1
    29    12    21    1
    30    12    13    1
    31    12    50    1
    32    13    14    1
    33    13    16    1
    34    13    51    1
    35    14    15    1
    36    14    52    1
    37    14    53    1
    38    15    54    1
    39    15    55    1
    40    16    28    1
    41    16    17    1
    42    16    18    1
    43    17    56    1
    44    17    57    1
    45    17    58    1
    46    18    19    1
    47    18    20    1
    48    18    22    1
    49    19    59    1
    50    19    60    1
    51    19    61    1
    52    20    21    1
    53    20    62    1
    54    20    63    1
    55    21    64    1
    56    21    65    1
    57    22    34    1
    58    22    23    1
    59    22    66    1
    60    23    24    1
    61    23    27    1
    62    23    29    1
    63    24    25    2
    64    24    26    1
    65    26    67    1
    66    27    28    1
    67    27    68    1
    68    27    69    1
    69    28    70    1
    70    28    71    1
    71    29    30    1
    72    29    72    1
    73    29    73    1
    74    30    31    1
    75    30    74    1
    76    30    75    1
    77    31    32    1
    78    31    33    1
    79    31    34    1
    80    32    76    1
    81    32    77    1
    82    32    78    1
    83    33    79    1
    84    33    80    1
    85    33    81    1
    86    34    82    1
    87    34    83    1
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-31 07:34:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 simon_yuan 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 322求调剂 +6 123安康 2026-04-12 13/650 2026-04-12 15:51 by 123安康
[考研] 280求调剂 +7 兮兮夜夜 2026-04-09 10/500 2026-04-12 00:33 by 蓝云思雨
[考研] 267求调剂 +8 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 8/400 2026-04-11 21:42 by cfdbai
[考研] 352 求调剂 +6 yzion 2026-04-11 8/400 2026-04-11 16:24 by 明月此时有
[考研] 085404 293求调剂 +9 勇远库爱314 2026-04-06 10/500 2026-04-11 10:36 by 紫曦紫棋
[考研] 087100初试311求调剂 +4 任雅琴 2026-04-09 4/200 2026-04-11 10:33 by zhq0425
[考研] 085402通信工程调剂，有4项学科竞赛国奖（电赛国二），硕士研究生调剂自荐信。 +5 m永o不v言o弃m 2026-04-09 5/250 2026-04-11 09:33 by zhq0425
[考研] 求调剂 +5 不会飞的鱼@ 2026-04-10 5/250 2026-04-10 19:07 by chemisry
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +4 candyyyi 2026-04-09 4/200 2026-04-09 18:39 by l_paradox
[考研] 调剂 +12 月@163.com 2026-04-08 12/600 2026-04-09 14:27 by rl1980
[考研] 1U盾记得记得就 +9 sanjin020722 2026-04-08 10/500 2026-04-09 14:11 by 诗与自由
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +3 慕绝cc 2026-04-09 3/150 2026-04-09 09:57 by liuhuiying09
[考研] 材料科学与工程320求调剂，080500 +12 黄瓜味薯片 2026-04-06 12/600 2026-04-08 16:26 by luoyongfeng
[考研] 388求调剂 +6 四川王涛 2026-04-07 8/400 2026-04-08 00:17 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +11 wwwwabcde 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南090202求调剂 +4 在线求有学上 2026-04-07 4/200 2026-04-07 19:47 by biomichael
[考研] 328求调剂 +4 ghhh88888 2026-04-06 5/250 2026-04-07 14:45 by ghhh88888
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[考研] 22408 331分求调剂 +4 y__1 2026-04-06 4/200 2026-04-06 17:26 by 土木硕士招生
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭