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候选基因序列无变化，但是表达量有差异，这是什么原因引起的？
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（1）我的候选基因有8个，然后我均测了cDNA，没有差异。实在没办法，我就只好做个半定量，然后发现其中有一个基因是有表达量的差异的。（材料1图片是一个基因，我做了两遍，这两张图前面两个是野生型，后面的两个是突变体。）我做了好几遍，都得到这样的结果，其他的候选基因表达量是完全一样的亮度。那我就觉得应该是这个基因，可是我又测了这个基因的启动子，发现启动子也没有差异，但是表达量上又有差异。我就解释不了这个问题了？看了文献说有可能是表观遗传学，那我要怎么进行验证呢？ （2）第二个郁闷的事情是：另外一个材料区间里也有很多候选基因，我也像上一个材料一样也是全部测了cDNA，但是也没有差异，然后做半定量的时候发现有两个基因有表达量的差异，而且这两个基因中间还有8个基因，其他的8个都没有差异，然后我做了3遍，都是这样的结果，（材料2-1和2-2这两个基因：前面两个都是突变体，后面两个是野生型）。当然这两个基因，我的启动子还没有测序，正在做……我不理解的问题是为什么会有两个基因出现这种变化呢？ 这两个材料都是隐性核基因控制的，因为符合3:1的农艺性状。而且是由EMS诱变得到的。 我的问题是： （1）材料1中为什么半定量验证的时候表达量有差异，可是启动子和cDNA都没有差异？ （2）如果材料1可能是表观遗传学，那我可以怎么进行验证？通过专门的测序吗？能不能介绍几篇相关的文献？ （3）材料2中为什么两个基因都出现表达量的变化？ （4）我想问如果是某个候选基因引起的这种性状，那么是不是在表达量上这个基因就肯定有变化？有没有会出现表达量不变化的情况？  材料1.jpg  材料2-1.jpg  材料2-2.jpg |
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 表观遗传 |
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【答案】应助回帖
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假设你的F2分离实验找对了区域: （1）材料1中为什么半定量验证的时候表达量有差异，可是启动子和cDNA都没有差异？ >>可能启动子找的范围还没有足够大, 你把范围扩大点吧. （2）如果材料1可能是表观遗传学，那我可以怎么进行验证？通过专门的测序吗？能不能介绍几篇相关的文献？ >>我建议先不要验证表观遗传的东西(范围太宽了), 先做一个构建(RNAi, 或者35S, 根据你发现的表达变化来定)转植物, 如果表型是和你怀疑的基因表达量相关, 你应该会从转基因植物上发现类似的表型. 确定了这个再好好研究是什么机理. （3）材料2中为什么两个基因都出现表达量的变化？ >>这个问题不会, 但是我觉得有表型的突变体应该有很多基因表达水平有变化, 或许你的材料2中其中一个基因就是属于这种情况. （4）我想问如果是某个候选基因引起的这种性状，那么是不是在表达量上这个基因就肯定有变化？有没有会出现表达量不变化的情况？ >>不一定, 点突变一般不会影响基因的表达水平. 但是如果表达量不变, 蛋白序列也不变, 多半说明不是这个基因一起表型吧. |
2楼2013-05-29 00:40:01
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