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7788945

银虫 (小有名气)

[交流] 那些基因可以反映组织内ATP的浓度？

如果细胞内ATP合成途径中某部分受阻，ATP含量下降，那些基因可以被ATP减少所诱导，迅速反映出这种变化呢？就想Mt4基因可以受到磷酸盐浓度的影响，作为一种指示基因，那些可以作为ATP的指示基因？
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1楼 2011-06-17 14:36:50
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gwbk

木虫 (正式写手)
★
7788945(金币+1):谢谢参与
7788945(金币+1): 2011-06-18 12:09:57
我觉得应该这样理解这个问题，ATP是所有细胞必须的，相关基因可能是管家基因。管家基因表达水平受环境因素影响较小，而是在个体各个生长阶段的大多数、或几乎全部组织中持续表达，或变化很小。它的表达只受启动序列或启动子与RNA聚合酶相互作用的影响，而不受其他机制调节。

我的说法只是一个猜测。请专家回答这个深度问题。
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2楼2011-06-17 15:50:39
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7788945

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gwbk at 2011-06-17 15:50:39:
我觉得应该这样理解这个问题，ATP是所有细胞必须的，相关基因可能是管家基因。管家基因表达水平受环境因素影响较小，而是在个体各个生长阶段的大多数、或几乎全部组织中持续表达，或变化很小。它的表达只受启动序 ...

合成ATP的基因肯定是恒定表达，比如ATP合成酶的各亚基恒定表达，但如果人为的加上某条件去阻断ATP的合成，比如使用鱼藤酮，氰化物阻断正常的呼吸链，ATP的合成应该减少（即使抗氰呼吸增强，ATP的量也应比正常呼吸少），这个时候哪些基因会响应ATP的减少，而在转录水平发生较大变化？
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3楼2011-06-17 16:22:12
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★
西瓜(金币+2): 鼓励交流。楼主说的不是ATP合成相关基因的变化啦，而是受ATP浓度影响的基因有哪些。 2011-06-18 10:28:41
7788945(金币+1): 2011-06-18 12:09:49
你肿么老想着转录水平变化呢

1，这个问题看起来很复杂。从ATP合成机制上看，无论是底物水平磷酸化，还是氧化磷酸化的ATP合成酶合成ATP，这些相关基因在组织细胞内表达不会受环境变化而变化。之所以这么想，是因为葡萄糖、脂肪降解是ATP的最终来源。最终实现ATP或者NADH、FADH2转化的是糖酵解、TCA、脂肪氧化进入TCA。没有考证TCA各个酶受诱导情况，但是我觉得，这些基因的表达，不受外界信号变化而变化。

2，你说的加一些抑制剂，解偶联剂，解除氧化磷酸化欧联从而降低ATP合成，ATP合成减少，随着ATP被利用，ADP增多，肯定会引起组织细胞一些列变化，但我了解到的都是生理生化上的变化。比如线粒体的紧缩态和活动态的转变。但是好像没有进一步诱导ATP合酶、NADH、FADH2氧化磷酸化电子传递链蛋白对应的这些管家基因的变化。

3，ATP好像与第二信使cAMP信号传导除了底物与产物的关系，并没有信号上的关系。

总结：
1，无论是糖酵解、TCA、脂肪氧化，还是ATP合酶、电子递链蛋白系统、cAMP。细胞生理生化变化，转录水平好像没有什么变化。
2，ATP减少会引起葡萄糖、脂肪的加速降解，但是资料上找不到转录水平的变化。
3，水平有限，期待高手。
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4楼2011-06-17 22:58:15
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
7788945(金币+1):谢谢参与
7788945(金币+1): 2011-06-18 12:09:44
ATP不清楚，个人认为应该是有不少基因受ATP浓度影响的。

刚试了下google“ATP-dependent gene"有不少结果，楼主可以试试。

可以在相关文献中查找“ATP level”，看看别人是怎么确定"ATP level"的，如果用的是某些基因的表达量（荧光定量PCR或者Western Blot”的结果），那么这些基因就是楼主需要的啦。

外行意见，仅供参考

[ Last edited by 西瓜 on 2011-6-18 at 10:39 ]
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5楼2011-06-18 10:32:19
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gwbk

木虫 (正式写手)
7788945(金币+1): 2011-06-18 12:10:03
顶起来！
分子高手们，这个话题我也很感兴趣，期待有比较好的线索、文献，idea
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6楼2011-06-18 11:58:36
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7788945

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 西瓜 at 2011-06-18 10:32:19:
ATP不清楚，个人认为应该是有不少基因受ATP浓度影响的。

刚试了下google“ATP-dependent gene"有不少结果，楼主可以试试。

可以在相关文献中查找“ATP level”，看看别人是怎么确定"ATP level&qu ...

sciencedirect上查了下，间接联系的居多，下了几篇还没看完，开始觉得ATP分解代谢的可能受些影响，但是看了楼上虫友说的，即使分解代谢的也是看家基因，转录水平上不会变化太大
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7楼2011-06-18 12:15:02
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7788945

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by gwbk at 2011-06-17 22:58:15:
你肿么老想着转录水平变化呢

1，这个问题看起来很复杂。从ATP合成机制上看，无论是底物水平磷酸化，还是氧化磷酸化的ATP合成酶合成ATP，这些相关基因在组织细胞内表达不会受环境变化而变化。之所以这么想，是因 ...

转录水平的确不容易变化，一开始觉得ATP分解代谢相关的基因可能会减少，但是它们也是看家基因，转录水平应该变化不大，活性降低通过别的途径降低可能性较大，比如蛋白的修饰。糖和脂肪酸的分解会被ATP减少引发，但又不是唯一原因
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8楼2011-06-18 12:20:29
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gwbk

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
7788945(金币+1): 2011-06-18 15:29:51
1949stone(金币+6): 鼓励 学习下 2011-06-19 20:23:51
1，细胞质的ATP水平是细胞凋亡或坏死的一个重要因素，当ATP低于某个水平时，细胞就会激活凋亡机制。（细胞凋亡家族基因相关）。细胞凋亡时，需要葡萄糖分解保持较高的ATP水平（激光诱导癌细胞凋亡）
2，抑制底物水平磷酸化、氧化磷酸化（鱼藤酮、放线菌素D、寡霉素），ATP水平下降，细胞3h内启动凋亡机制。当超过8h，细胞就会通过凋亡而死亡。ATP水平进一步下降，细胞不是通过凋亡或者谷氨酸诱导的凋亡机制死亡，而是直接破裂坏死（氰化钾）。
3，ATP通过激活转录抑制子抑制基因的表达。这个过程是可逆的。当ATP量减少时，相关基因表达。
4，ATP可以激活NF-kB信号体系，启动免疫应答和炎症反应。
5，线粒体中，基因转录通过ATP sensing 机制调节。

6，ATP水平影响固氮酶的开启和关闭。

零零碎碎查了一些文献，希望有更多的补充~~~~~
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10楼2011-06-18 13:18:20
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li2219189楼
2011-06-18 12:27   回复  
7788945(金币+1):谢谢参与
1949stone: 这都可以啊 2011-06-19 20:23:35
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