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fengshuai_

木虫 (正式写手)

[求助] 求助有关细菌菌种鉴定的问题

请问公司给的16S rDNA测序结果的拼接序列是编码链还是模板链,谢谢赐教,定有重谢!
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努力加油
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fengshuai_

木虫 (正式写手)

每人点我啊
努力加油
2楼2013-06-18 09:55:35
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-18 21:24:07
fengshuai_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-06-19 08:29:42
你好,你可以把序列复制下来,与NCBI下载的某菌种16sRNA比对,观察它的正反
NCBI的序列一般是可以看出正反的
16sRNA构建树的时候是不需要区分正反的,软件(比如MEGA)构建树的第一步是Align,会自动掉接正反的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

坚强面对生活
3楼2013-06-18 19:30:17
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fengshuai_

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by loop00 at 2013-06-18 19:30:17
你好,你可以把序列复制下来,与NCBI下载的某菌种16sRNA比对,观察它的正反
NCBI的序列一般是可以看出正反的
16sRNA构建树的时候是不需要区分正反的,软件(比如MEGA)构建树的第一步是Align,会自动掉接正反的

谢谢你啊,我按你说的比对了一下,结果是上下两条链的碱基序号都是从低到高,和该属内其他种也是如此,是不是就说明该测序结果应该是编码链啊?
努力加油
4楼2013-06-19 08:34:08
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125927YAN

新虫 (初入文坛)

呵呵,应该是编码链吧
5楼2013-06-20 17:00:30
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125927YAN

新虫 (初入文坛)

呵呵,应该是编码链吧
6楼2013-06-20 17:02:07
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fengshuai_: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-06-22 11:17:55
引用回帖:
4楼: Originally posted by fengshuai_ at 2013-06-19 08:34:08
谢谢你啊,我按你说的比对了一下,结果是上下两条链的碱基序号都是从低到高,和该属内其他种也是如此,是不是就说明该测序结果应该是编码链啊?...

刚刚回想了一下,16rRNA是不是不编码蛋白呢?它好像就是和核糖体蛋白结合的结构RNA,起到支架的作用,我搜了几个序列,用软件分析都没有ORF,应该不存在正义反义的问题;
关于画进化树,是不存在正反问题的,软件会分析,把所有输入序列方向调成一样,所以没有问题,不知道我的回答你满不满意
坚强面对生活
7楼2013-06-21 13:17:27
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