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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助有关细菌菌种鉴定的问题
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fengshuai_

木虫 (正式写手)

[求助] 求助有关细菌菌种鉴定的问题

请问公司给的16S rDNA测序结果的拼接序列是编码链还是模板链，谢谢赐教，定有重谢！
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努力加油
1楼 2013-05-24 20:37:00
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fengshuai_

木虫 (正式写手)
每人点我啊
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努力加油
2楼2013-06-18 09:55:35
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-18 21:24:07
fengshuai_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-06-19 08:29:42
你好，你可以把序列复制下来，与NCBI下载的某菌种16sRNA比对，观察它的正反
NCBI的序列一般是可以看出正反的
16sRNA构建树的时候是不需要区分正反的，软件（比如MEGA）构建树的第一步是Align，会自动掉接正反的
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

fengshuai_
坚强面对生活
3楼2013-06-18 19:30:17
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fengshuai_

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by loop00 at 2013-06-18 19:30:17
你好，你可以把序列复制下来，与NCBI下载的某菌种16sRNA比对，观察它的正反
NCBI的序列一般是可以看出正反的
16sRNA构建树的时候是不需要区分正反的，软件（比如MEGA）构建树的第一步是Align，会自动掉接正反的

谢谢你啊，我按你说的比对了一下，结果是上下两条链的碱基序号都是从低到高，和该属内其他种也是如此，是不是就说明该测序结果应该是编码链啊？
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努力加油
4楼2013-06-19 08:34:08
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125927YAN

新虫 (初入文坛)
呵呵，应该是编码链吧
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5楼2013-06-20 17:00:30
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125927YAN

新虫 (初入文坛)
呵呵，应该是编码链吧
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6楼2013-06-20 17:02:07
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loop00

木虫 (小有名气)

阿凡达

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fengshuai_: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-06-22 11:17:55
引用回帖:
4楼: Originally posted by fengshuai_ at 2013-06-19 08:34:08
谢谢你啊，我按你说的比对了一下，结果是上下两条链的碱基序号都是从低到高，和该属内其他种也是如此，是不是就说明该测序结果应该是编码链啊？...

刚刚回想了一下，16rRNA是不是不编码蛋白呢?它好像就是和核糖体蛋白结合的结构RNA，起到支架的作用，我搜了几个序列，用软件分析都没有ORF，应该不存在正义反义的问题；
关于画进化树，是不存在正反问题的，软件会分析，把所有输入序列方向调成一样，所以没有问题，不知道我的回答你满不满意
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坚强面对生活
7楼2013-06-21 13:17:27
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