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浪~顽石

金虫 (小有名气)

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[求助] 结构优化与分子动力学

在MS中，Discover模块中的结构优化与分子动力学之间有什么区别与联系？？？在进行分子动力学运算之前需要进行结构优化吗？？如果需要，为什么？？？？

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1楼 2013-05-21 15:50:24

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fhh2626

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

结构优化的作用是为了避免刚开始模拟时由于坏的初始结构（比如两个原子过于靠近，原子键长过长，键角过小等）造成的超高势能

结构优化不是必须的，但是一般情况下在进行模拟前都应该进行以避免出错，不过以下两种情况不应该使用结构优化
1、初始结构有某种物理意义
2、初始结构本身就是某次模拟的最终结构

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3楼2013-05-23 02:03:32

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tylgd2011

铁杆木虫 (正式写手)

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专业: 石油、天然气地质学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

在运行分子动力学之前，为节省机时，进行结构优化，一般不进行优化直接运行动力学计算不了的。一般首先结构优化，应用优化的结构进行动力学计算。

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2楼2013-05-21 17:28:03

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