| 查看: 1989 | 回复: 8 | |||
broken1999木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
|
|
NAMD软件 CHARMM力场 蛋白质势能的计算是进行能量最小化的基础 想深入软件代码层面，完全掌握它的计算过程 查过资料，知道势能由以下几部分组成：键伸缩能bond stretching、键角弯曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、异常扭曲improper torsion、离平面弯曲Out-of –plane Bending、交叉项cross term、范德华相互作用能van der Waals interactions、静电相互作用能electrostatic contributions几部分组成 但是每个部分里面都涉及到好多参数，这些参数又取决于CHARMM力场 看过namdenergy.tcl的源代码，惘然而无所得， 几个问题各位大牛给予指导 1 NAMD是如何挑选合适的参数进行对势计算的 2 NAMD是否对运算过程进行过优化或近似？难道它就穷举所有原子对势？ 3 有没有哪本书，或者资料对NAMD势能计算过程进行过讲解？ 求指点 |
回复此楼» 猜你喜欢
接受任何调剂
已经有7人回复
-
化学070300 求调剂
已经有29人回复
-
297，工科调剂?
已经有5人回复
-
22408 312求调剂
已经有26人回复
-
收到复试调剂但是去不了
已经有8人回复
-
260求调剂
已经有5人回复
-
急需调剂
已经有10人回复
-
申博/考博
已经有4人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有37人回复
-
求调剂
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
- 蛋白质构象模拟
已经有12人回复
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
|
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式 2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的。。。比如陈正隆的那本 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
broken19992楼2013-05-21 14:29:43
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-05-21 19:25:18
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-05-22 10:34:13
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
通过你给的原子类型定义 因为力场是通过定义一个原子类型 然后拟合其相关的各种参数来实现计算的 很简单 就类似于一个表格 你在算一对儿原子作用的时候 分别查看他们的原子类型和他们的成键关系 然后加载力场参数去带公式计算就好了 几乎所有动力学软件都用拓扑文件来保存原子类型和成键关系的 软件实现的细节会远比你想象的复杂 因为期间有各种不同级别的算法的存在 包括并行化的代码 直接看会不大容易理清其中的结构的 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
5楼2013-05-23 09:17:37
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
6楼2013-05-23 09:25:17
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-05-23 09:36:46
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
8楼2013-05-23 09:37:24
9楼2013-09-30 10:14:39
50