| 查看: 1678 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
broken1999木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
|
|
|
NAMD软件 CHARMM力场 蛋白质势能的计算是进行能量最小化的基础 想深入软件代码层面，完全掌握它的计算过程 查过资料，知道势能由以下几部分组成：键伸缩能bond stretching、键角弯曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、异常扭曲improper torsion、离平面弯曲Out-of –plane Bending、交叉项cross term、范德华相互作用能van der Waals interactions、静电相互作用能electrostatic contributions几部分组成 但是每个部分里面都涉及到好多参数，这些参数又取决于CHARMM力场 看过namdenergy.tcl的源代码，惘然而无所得， 几个问题各位大牛给予指导 1 NAMD是如何挑选合适的参数进行对势计算的 2 NAMD是否对运算过程进行过优化或近似？难道它就穷举所有原子对势？ 3 有没有哪本书，或者资料对NAMD势能计算过程进行过讲解？ 求指点 |
回复此楼» 猜你喜欢
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有7人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有8人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有5人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有7人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有6人回复
-
Bioresource Technology期刊，第一次返修的时候被退回好几次了
已经有7人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复- 蛋白质构象模拟
已经有12人回复
9楼2013-09-30 10:14:39