| 查看: 2318 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
broken1999木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
|
|
|
NAMD软件 CHARMM力场 蛋白质势能的计算是进行能量最小化的基础 想深入软件代码层面，完全掌握它的计算过程 查过资料，知道势能由以下几部分组成：键伸缩能bond stretching、键角弯曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、异常扭曲improper torsion、离平面弯曲Out-of –plane Bending、交叉项cross term、范德华相互作用能van der Waals interactions、静电相互作用能electrostatic contributions几部分组成 但是每个部分里面都涉及到好多参数，这些参数又取决于CHARMM力场 看过namdenergy.tcl的源代码，惘然而无所得， 几个问题各位大牛给予指导 1 NAMD是如何挑选合适的参数进行对势计算的 2 NAMD是否对运算过程进行过优化或近似？难道它就穷举所有原子对势？ 3 有没有哪本书，或者资料对NAMD势能计算过程进行过讲解？ 求指点 |
回复此楼» 猜你喜欢
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有5人回复
-
国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率
已经有8人回复
-
各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。
已经有7人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有48人回复
-
filecode
已经有10人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有18人回复
-
大家玩filecode，现在的申请与受理打不开了
已经有6人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有11人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有8人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有37人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
- 蛋白质构象模拟
已经有12人回复
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
6楼2013-05-23 09:25:17
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
|
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式 2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的。。。比如陈正隆的那本 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
broken19992楼2013-05-21 14:29:43
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 465
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-05-21 19:25:18
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-05-22 10:34:13
