| 查看: 1956 | 回复: 8 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
broken1999木虫 (正式写手)
|
[求助]
NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
|
|
|
NAMD软件 CHARMM力场 蛋白质势能的计算是进行能量最小化的基础 想深入软件代码层面，完全掌握它的计算过程 查过资料，知道势能由以下几部分组成：键伸缩能bond stretching、键角弯曲能angle bending、二面角扭曲能torsion rotation、异常扭曲improper torsion、离平面弯曲Out-of –plane Bending、交叉项cross term、范德华相互作用能van der Waals interactions、静电相互作用能electrostatic contributions几部分组成 但是每个部分里面都涉及到好多参数，这些参数又取决于CHARMM力场 看过namdenergy.tcl的源代码，惘然而无所得， 几个问题各位大牛给予指导 1 NAMD是如何挑选合适的参数进行对势计算的 2 NAMD是否对运算过程进行过优化或近似？难道它就穷举所有原子对势？ 3 有没有哪本书，或者资料对NAMD势能计算过程进行过讲解？ 求指点 |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿085502，267分求调剂
已经有16人回复
-
085801电气专硕272求调剂
已经有3人回复
-
366求调剂
已经有9人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有37人回复
-
279学硕食品专业求调剂院校
已经有18人回复
-
290调剂生物0860
已经有31人回复
-
一志愿085802 323分求调剂
已经有13人回复
-
277求调剂
已经有23人回复
-
322求调剂，08工科
已经有4人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有30人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
- 蛋白质构象模拟
已经有12人回复
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
送红花一朵 8楼2013-05-23 09:37:24
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
感谢参与，应助指数 +1
broken1999: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-06-06 20:07:16
|
1、参数自然是包括在CHARMM力场当中的，你要先知道CHARMM力场的格式 2、NAMD只计算一定范围内的原子（如10A），长程静电作用可以用一定的方法近似（如PME） 3、基本上任何关于分子模拟的书都会花几页讲一下力场的。。。比如陈正隆的那本 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2013-05-21 14:29:43
broken1999
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 2167.4
- 散金: 464
- 红花: 6
- 帖子: 560
- 在线: 281.9小时
- 虫号: 1128677
- 注册: 2010-10-21
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-05-21 19:25:18
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-05-22 10:34:13
